這些實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)因素的控制后通過(guò)測(cè)序就得到了測(cè)序數(shù)據(jù)。我們還需要對(duì)原始數(shù)據(jù)(RAW data) 進(jìn)行質(zhì)控，包括對(duì)低質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)的去除，接頭序列的去除，rRNA 序列的去除等。經(jīng)過(guò)質(zhì)控過(guò)濾后得到的數(shù)據(jù)(clean data) 才能進(jìn)行后續(xù)的分析。同時(shí)，也可以通過(guò)堿基分布、Q20 、Q30 、rRNA 比例等指標(biāo)初步判斷測(cè)序質(zhì)量好壞。至此，我們得到的clean data 就可以進(jìn)行真正的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，解決我們的實(shí)際的生物學(xué)問(wèn)題了。那么需要經(jīng)過(guò)哪些分析流程呢？又可以拿到哪些分析結(jié)果呢，更多信息可以聯(lián)系上海融享生物科技有限公司。真核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)找融享生物 真核無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序+真核有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 。北京BCR轉(zhuǎn)錄組測(cè)序機(jī)構(gòu)電話(huà)

首要部分是前期分析部分，包括對(duì)實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)、測(cè)序方案的設(shè)計(jì)、以及測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控。第二部分則是主要分析，包括轉(zhuǎn)錄組測(cè)序整體評(píng)估，基因差異表達(dá)分析及功能分析。第三部分是高級(jí)分析，這部分需要針對(duì)特定的實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮托枨筮M(jìn)行選擇，如轉(zhuǎn)錄因子的分析、融合基因分析、與其他組學(xué)的聯(lián)合分析等。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的根本目的在于回答特定的生物學(xué)問(wèn)題，因此一個(gè)良好的實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)是其根本。其中，生物學(xué)重復(fù)的數(shù)量、文庫(kù)類(lèi)型及測(cè)序深度等因素直接關(guān)系到結(jié)果的好壞。在這里要尤其強(qiáng)調(diào)至少三個(gè)以上的生物學(xué)重復(fù)的重要性。三個(gè)以上的生物學(xué)重復(fù)是進(jìn)行任何可信的下游數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析的基礎(chǔ)，過(guò)少的生物學(xué)重復(fù)或者沒(méi)有重復(fù)將使分析結(jié)果的可信度較大降低。（天津轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪里有上海全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序找上海融享生物科技有限公司價(jià)格更低 服務(wù)更好。

轉(zhuǎn)錄組分析流程將下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾得到 Clean Data，與指定的參考基因組進(jìn)行序列比對(duì)，得到的 Mapped Data，進(jìn)行插入片段的長(zhǎng)度檢驗(yàn)、隨機(jī)性檢驗(yàn)等文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估;進(jìn)行可變剪接分析、新基因發(fā)掘和基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化等結(jié)構(gòu)水平分析;根據(jù)基因在不同樣品或不同樣品組中的表達(dá)量進(jìn)行差異表達(dá)分析、差異表達(dá)基因功能注釋和功能富集等表達(dá)水平分析。測(cè)序質(zhì)量控制在進(jìn)行數(shù)據(jù)分析之前，首先需要確保這些Reads有足夠高的質(zhì)量，以保證后續(xù)分析的準(zhǔn)確。所以要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行嚴(yán)格的質(zhì)量控制，經(jīng)過(guò)一系列的質(zhì)量控制之后得到的高質(zhì)量的Clean Dat。。

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)飽和度模擬圖 注:橫坐標(biāo)為reads的采樣率，縱坐標(biāo)為RPKM的相對(duì)誤差，Q1-4分別展示了低表達(dá)到高表達(dá)的基因的飽和性: Q1 (0-25%):轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平排名位于前25%的基因;Q2 (25-50%): 轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平排名位于25-50%的基因;Q3 (50-75%): 轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平排名位于50-75%的基因;Q4 (75-100%): 轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平排名位于75%以上的基因.SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因組上由單個(gè)核苷酸變異形成的遺傳標(biāo)記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富?；诟鳂悠?reads 與參考基因組序列的比對(duì)結(jié)果上海全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序性?xún)r(jià)比找融享生物高效率周期快。

轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估合格的轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的必要條件，為確保文庫(kù)的質(zhì)量，要從以下三方面對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估:通過(guò)檢驗(yàn)插入片段在基因上的分布，評(píng)估m(xù)RN段化的隨機(jī)性、mRNA的降解情況;通過(guò)插入片段的長(zhǎng)度分布，評(píng)估插入片段長(zhǎng)度的離散程度;通過(guò)繪制飽和度圖，評(píng)估文庫(kù)容量和MappedData是否充足。插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)用于反映文庫(kù)制備過(guò)程中磁珠純化的效果。通過(guò)插入片段兩端的Reads在參考基因組上的比對(duì)起止點(diǎn)之間的距離計(jì)算插入片段長(zhǎng)度。大部分的真核生物基因?yàn)閿嗔鸦?，外顯子被內(nèi)含子隔斷，而轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的是無(wú)內(nèi)含子的成熟mRNA。當(dāng)mRNA中跨內(nèi)含子的片段兩端的Reads比對(duì)到基因組上時(shí)，比對(duì)起止點(diǎn)之間的距離要大于插入片段長(zhǎng)度。因此，在插入片段長(zhǎng)度模擬分布圖中，主峰右側(cè)有時(shí)會(huì)形成1個(gè)或多個(gè)小峰，此現(xiàn)象屬于正常。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序融享生物的優(yōu)勢(shì)：能準(zhǔn)確識(shí)別轉(zhuǎn)錄本同源異構(gòu)體、可變剪切、可變polyA、融合基因等位基因等。湖北泛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是較新發(fā)展起來(lái)的利用新一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析的技術(shù)，可以多面快速地獲得特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的序列信息和表達(dá)信息，包括編碼蛋白質(zhì)的mRNA和各種非編碼RNA，基因選擇性剪接產(chǎn)生的不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)豐度等。在分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本，從而準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記等生命科學(xué)的重要問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，通過(guò)新一代高通量測(cè)序，能夠多面快速地獲得某一物種特定組織或在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。北京BCR轉(zhuǎn)錄組測(cè)序機(jī)構(gòu)電話(huà)