研究結果1.采集3例肺結核患者和3個正常人的全血樣品進行全轉錄組測序，篩選發(fā)現(xiàn)170個circRNA的表達量發(fā)生了性變化。2.在20例患者中對6個circRNA的表達進行驗證，結果與全轉錄組一致。，差異表達circRNA在一些免疫通路如MAPK信號傳導通路、中的內吞作用通路出現(xiàn)富集。4.構建肺結核中miRNA介導的circRNA-mRNA的相互網絡，即ceRNA調控網絡。參考文獻ZhangX,ZhuM,YangR,(69):113571-113582.(IF:)常見問題1.全轉錄組測序和circRNA測序建庫區(qū)別是什么？全轉錄組測序主要通過去除rRNA，構建鏈特異性文庫，測序文庫中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA測序在建庫過程中去除rRNA和消化去除線性RNA，特異富集circRNA。相對于全轉錄組測序，circRNA測序建庫可以獲得更多的circRNA信息。2.全轉錄組測序和circRNA測序這兩種方案如何選擇？如果希望通過一次測序，獲得更多類型的RNA信息，建議選擇全轉錄組測序。全轉錄組測序可以獲得mRNA、lncRNA、circRNA三種類型的RNA信息。但由于建庫方式的差異和測序數(shù)據量的限制，全轉錄組測序所獲得的circRNA類型通常比circRNA測序要少。如果研究目的只關注circRNA，那么建議選擇circRNA測序。對circRNA單獨測序?？焖俑咝У闹苽銷GS測序?轉錄組測序。上?？臻g轉錄組測序分析報告

聚類分析（Hierarchical Clustering)用于判斷差異基因在不同實驗條件下的表達模式，因此可以用于根據樣品的表達譜進行聚類，當樣品之間重復性較好的情況下樣品通常會分在一個子群內，如果樣品間重復性較差則可能層次聚類會呈現(xiàn)無規(guī)則的聚類形式。此外，還可通過將表達模式相同或相近的基因聚集成類，從而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。除了聚類還可以利用主成分分析的方法將樣品表達譜進行降維處理，在通過其主成分的得分將樣品呈現(xiàn)在二維或三維上?？臻g轉錄組測序分析報告如果要做轉錄組測序服務找融享生物。

無參轉錄組和有參轉錄組的區(qū)別？按照有參或者無參進行轉錄組分析，取決于基因組的質量、所研究物種與參考基因組的比對效率。如果所研究的物種有組裝注釋質量較好的基因組，并且樣本與該參考的基因組近緣使得的序列比對的效率較高，那么可以采用有參轉錄組的分析策略進行分析。反之，則需要按照無參轉錄組的分析策略的使用例如Trinity等進行轉錄本組裝，構建的unigene庫，然后進行后續(xù)分析。無參轉錄組和有參轉錄組的區(qū)別就在這里，

通過對以上這些實驗設計因素的控制后通過測序就得到了測序數(shù)據。我們還需要對原始數(shù)據(RAW data)進行質控，包括對低質量的測序數(shù)據的去除，接頭序列的去除，rRNA序列的去除等。經過質控過濾后得到的數(shù)據(clean data)才能進行后續(xù)的分析。同時，也可以通過堿基分布、Q20、Q30、rRNA比例等指標初步判斷測序質量好壞。至此，我們得到的clean data就可以進行真正的轉錄組學分析，來解決我們的實際的生物學問題了。那么需要經過哪些分析流程呢？又可以拿到哪些分析結果呢？轉錄組怎么做就找融享生物。

是否構建鏈特異性文庫？另一個重要的因素就是測序數(shù)據量的大?。礈y序深度）。但是比較好的測序數(shù)據量并沒有一個固定的值，而會因為目標轉錄組的復雜度的不同而不同。一些人認為5M的mapped reads足夠對轉錄組中的中度及高度表達的轉錄本進行精確定量了。但是對低豐度的轉錄本的定量則需要更高的測序深度，而過高的測序深度所帶來的轉錄本的噪聲也可能影響定量的準確性。在對轉錄組的整體評估中，飽和曲線可以較好的評估測序深度是否合適。融享生物轉錄組測序優(yōu)勢 報告精細解讀、極速周期、實驗輔助設計，模塊報價。上海空間轉錄組測序分析報告

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區(qū)域的大小:比對到該區(qū)域的MappedReads在所有MappedReads中所占的百分比。理論上，來自成熟mRNA的Reads應比對到外顯子區(qū)。Reads比對到內含子是由于mRNA前體和發(fā)生可變剪切的內含子保留;Reads比對到基因間區(qū)是基因組注釋不完善導致的結果。因此為了更好的驗證這些非編碼區(qū)域對mRNA的影響，我們將基因間的區(qū)域分為轉錄起始位點上游1kb范圍內的reads、轉錄起始位點上游5kb范圍內的reads和轉錄起始位點上游10kb的reads;同理轉錄終止位點下游1kb范圍內的reads、轉錄終止位點下游5kb范圍內的reads和轉錄終止位點下游10kb的reads。上海空間轉錄組測序分析報告