首要部分是前期分析部分，包括對實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)、測序方案的設(shè)計(jì)、以及測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控。第二部分則是主要分析，包括轉(zhuǎn)錄組測序整體評估，基因差異表達(dá)分析及功能分析。第三部分是高級分析，這部分需要針對特定的實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮托枨筮M(jìn)行選擇，如轉(zhuǎn)錄因子的分析、融合基因分析、與其他組學(xué)的聯(lián)合分析等。轉(zhuǎn)錄組測序的根本目的在于回答特定的生物學(xué)問題，因此一個良好的實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)是其根本。其中，生物學(xué)重復(fù)的數(shù)量、文庫類型及測序深度等因素直接關(guān)系到結(jié)果的好壞。在這里要尤其強(qiáng)調(diào)至少三個以上的生物學(xué)重復(fù)的重要性。三個以上的生物學(xué)重復(fù)是進(jìn)行任何可信的下游數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析的基礎(chǔ)，過少的生物學(xué)重復(fù)或者沒有重復(fù)將使分析結(jié)果的可信度較大降低。（融享生物是提供轉(zhuǎn)錄組測序，宏基因組，16SITS等擴(kuò)增子服務(wù)商之一。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測序公司哪家好

轉(zhuǎn)錄組成為研究基因表達(dá)的主要手段，轉(zhuǎn)錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的必然紐帶，轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是目前研究較多的，也是生物體較重要的調(diào)控方式。對于真核生物來說，基因組比較大，測一個全基因組比較難，但是測轉(zhuǎn)錄組還是比較容易實(shí)現(xiàn)的。轉(zhuǎn)錄組測序轉(zhuǎn)錄組測序(Transcriptome sequencing)是通過二代測序平臺快速多面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用于研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測等。目前，轉(zhuǎn)錄組測序已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測序公司哪家好轉(zhuǎn)錄服務(wù)博士團(tuán)隊(duì)專門為您打造屬于您的服務(wù)。

轉(zhuǎn)錄組文庫質(zhì)量評估合格的轉(zhuǎn)錄組文庫是轉(zhuǎn)錄組測序的必要條件，為確保文庫的質(zhì)量，要從以下三方面對轉(zhuǎn)錄組測序文庫進(jìn)行質(zhì)量評估:通過檢驗(yàn)插入片段在基因上的分布，評估m(xù)RN段化的隨機(jī)性、mRNA的降解情況;通過插入片段的長度分布，評估插入片段長度的離散程度;通過繪制飽和度圖，評估文庫容量和MappedData是否充足。插入片段長度檢驗(yàn)插入片段長度檢驗(yàn)用于反映文庫制備過程中磁珠純化的效果。通過插入片段兩端的Reads在參考基因組上的比對起止點(diǎn)之間的距離計(jì)算插入片段長度。大部分的真核生物基因?yàn)閿嗔鸦?，外顯子被內(nèi)含子隔斷，而轉(zhuǎn)錄組測序得到的是無內(nèi)含子的成熟mRNA。當(dāng)mRNA中跨內(nèi)含子的片段兩端的Reads比對到基因組上時(shí)，比對起止點(diǎn)之間的距離要大于插入片段長度。因此，在插入片段長度模擬分布圖中，主峰右側(cè)有時(shí)會形成1個或多個小峰，此現(xiàn)象屬于正常。

    本申請涉及轉(zhuǎn)錄組基因測序領(lǐng)域，特別是涉及一種轉(zhuǎn)錄組建庫的方法、試劑和應(yīng)用。背景技術(shù)：：基因組和轉(zhuǎn)錄組測序是生命科學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)性工作。由于絕大部分非模式生物缺乏基因組數(shù)據(jù)，全長轉(zhuǎn)錄組測序就變得尤為重要，全長轉(zhuǎn)錄本可以促進(jìn)這些物種的基因功能、基因表達(dá)調(diào)控和進(jìn)化關(guān)系等多方面的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究。當(dāng)前，絕大多數(shù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)都是基于第二代高通量測序技術(shù)獲得的。然而，第二代測序技術(shù)測序序列短，短序列拼接無法提供大量的長轉(zhuǎn)錄本并且丟失了可變剪接等重要信息，因而轉(zhuǎn)錄組的從頭測序開始采用pacbio第三代測序技術(shù)。在2013年pacbiorsii推出時(shí)，其通量較低，測序成本一直讓科研人員望而止步。到2015年10月，pacbio推出sequel平臺，大幅提升了全長轉(zhuǎn)錄組的測序通量，在通量上是pacbiorsii的5-10倍。鑒于三代測序技術(shù)在科研甚至臨床領(lǐng)域的發(fā)展?jié)摿Γ芏喙鞠嗬^引入sequel平臺，提供pacbio三代測序的全長轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)。目前pacbio三代測序的全長轉(zhuǎn)錄組按照pacbio公司推出的標(biāo)準(zhǔn)方案來進(jìn)行，過程如圖1所示，主要包括兩個方面：cdna的制備和轉(zhuǎn)錄組建庫。其中，cdna的制備包括使用clontech公司的smarterpcrcdnasynthesiskit試劑盒，將rna反轉(zhuǎn)錄生成cdna。融享生物在線為您提供眾多企業(yè)轉(zhuǎn)錄組測序/mRNA測序技術(shù)服務(wù)。

如何獲取mRN段？真核生物成熟的mRNA一般帶有polyA尾巴，因此常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組建庫流程中通常直接對具有PolyA尾巴的片段進(jìn)行捕獲，這樣可以得到純度較高的mRNA。但是這樣的方式對于mRNA的完整度要求較高，發(fā)生降解的樣本使用這種建庫方式會損失一定的轉(zhuǎn)錄組信息。另一種獲得mRNA的方式則去除在TotalRNA中占比比較高的rRNA（通常占比超過90%以上），而剩下的RNA中就包括了mRNA（占比為1-2%），這種方式對降解樣本的耐受度相對較高，但需要更高的測序數(shù)據(jù)量，且成本也更高。原核生物由于其mRNA不具有PolyA尾巴，因此只能選擇rRNA去除的方式。轉(zhuǎn)錄組測序，提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更多的檢測范圍。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測序公司哪家好

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全轉(zhuǎn)錄組測序 通過全轉(zhuǎn)錄組測序可快速的獲取某一條件下組織或細(xì)胞中大部分轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)情況。與常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序相比，全轉(zhuǎn)錄組測序可以同時(shí)獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息。 歐易特色 豐富的建庫經(jīng)驗(yàn)，過硬的建庫質(zhì)量 10余年文庫構(gòu)建技術(shù)沉淀，具備處理復(fù)雜樣品的能力和豐富的建庫經(jīng)驗(yàn) 具有特色的高級分析 lncRNA調(diào)控機(jī)制預(yù)測，lncRNA和mRNA的共表達(dá)分析，lncRNA、mRNA和circRNA的聯(lián)合分析等 結(jié)合客戶的需求，靈活進(jìn)行定制化信息分析 推薦測序模式 Hiseq4000，PE150  一般測序：10 Gb/樣本 深度測序：20 Gb/樣本 案例展示 案例一  鑒別肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征及構(gòu)建ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究背景 肺結(jié)核（PTB）是由結(jié)核桿菌引起的慢性疾病，對人類健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅。circRNA被認(rèn)為在許多疾病的發(fā)病機(jī)理和發(fā)展過程中具有潛在的調(diào)控作用，然而，PTB中circRNA的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理仍有待于研究。 技術(shù)路線   ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究內(nèi)容 歐易生物攜手蘇州大學(xué)生物與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)院，通過全轉(zhuǎn)錄組測序探究肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征。作者闡明了肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征，通過GO和KEGG富集分析對circRNA進(jìn)行了功能富集分析，構(gòu)建了肺結(jié)核中circRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。  河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測序公司哪家好