1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息?？臻g轉錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉錄組測序技術。江蘇實力空間轉錄組

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達解決方案是目前***一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細胞測序技術原理和組織切片染色結合在一起，從而研究空間分辨率下整個轉錄組 mRNA 的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息?？臻g轉錄組相關的顯微解剖技術通常分為兩類：機械和光學。前者包括 Tomo-seq 等，通過沿感興趣軸，利用冷凍切片機進行組織切片，然后在每個切片上均進行 RNA 測序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實驗的基因表達玻片。運用空間轉錄組有什么用10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業(yè)化解決方案。

歐易生物自引進10x Visium空間轉錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序，在樣本包埋、切片、實驗和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉錄組的研究熱點和方案設計，分享歐易生物在樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象：A、對空間轉錄組感興趣，期望了解空間轉錄組技術，或近期準備開展空間轉錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。

單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發(fā)展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接下來的時間里，單細胞轉錄組和空間轉錄組將為生命科學的發(fā)展做出極其重要的貢獻。單細胞轉錄組測序技術的特點在于提供詳實的每個細胞的轉錄表達信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息?，F(xiàn)有商用空間轉錄組測序技術的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，這兩個技術的存在是天然互補的，而將兩者的結合也是水到渠成，完美結合。Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉錄組解析人鱗狀細胞*的文章。

 空間重構的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數(shù)據(jù)中重構細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。基于LCM的方法：基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構成***的巨大背景中，可能具有一定價值?；趫D像的原位轉錄組學：基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。有很多其他類型的分析可用于空間轉錄組學數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉錄組定義等。海南空間轉錄組領域

細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學的適用方法。江蘇實力空間轉錄組

第二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當前時代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā)。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉錄組學數(shù)據(jù)的整合和分析。江蘇實力空間轉錄組

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