轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果及TCGA數(shù)據(jù)庫分析)圖5RNA-Seq和m6A-seq聯(lián)合鑒定SOCS2是介導(dǎo)的m6A修飾的下游靶基因PLoSOne2015,在許多不同種類的RNA中,都已觀察到N6-腺苷(m6A)的甲基化,但其在microRNAs中還沒有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3細(xì)胞系中,通過敲除m6A甲基轉(zhuǎn)移酶FTO篩選到表達(dá)差異的microRNA,說明miRNA受m6A甲基化的調(diào)控。進(jìn)一步通過MeRIP-Seq發(fā)現(xiàn)相當(dāng)一部分的microRNA具有m6A修飾。通過motif分析,他們發(fā)現(xiàn)了區(qū)分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。該文章所述的表觀遺傳修飾在基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的復(fù)雜性上增加了一個(gè)新的層次。圖FTO敲除對(duì)甲基化的miRNAs的穩(wěn)定狀態(tài)的影響。參考文獻(xiàn)Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):'(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):'UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">panstyle="color:#f5c81c;">xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">panstyle="color:#f5c81c;">(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。將Transwell小室放入配套培養(yǎng)板中,形成由細(xì)胞可穿透性膜分隔開的兩室系統(tǒng),將高營養(yǎng)液與低營養(yǎng)液分隔開。血液科研技術(shù)服務(wù)技術(shù)
外泌體作為藥物載體由于特殊的結(jié)構(gòu)和循環(huán)方式,外泌體作為藥物運(yùn)輸?shù)妮d體具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。例如外泌體的尺寸分布能夠增強(qiáng)滲透滯留效應(yīng),從而有選擇性地深入組織;其外層磷脂雙分子層可以保護(hù)內(nèi)容物不受各種生物酶的影響,維持各種生物分子的活性;外泌體普遍存在于各種體液和組織中,其體積小,結(jié)構(gòu)、組成與細(xì)胞膜類似,導(dǎo)致外泌體可以在避開免疫系統(tǒng)監(jiān)督的同時(shí)深入組織內(nèi)部,有較好的生物相容性;當(dāng)采用內(nèi)源外泌體時(shí),能明顯降低其他藥物載體可能引起的有害免疫反應(yīng);除此之外,某些細(xì)胞來源或經(jīng)特殊修飾過的外泌體具有良好的特異性,可以與特定的或組織結(jié)合。因此,載藥成為外泌體研究的一個(gè)重要分支,具有良好的應(yīng)用前景。在外泌體中引入藥物的方式包括體內(nèi)裝載和體外裝載兩種。體內(nèi)藥物裝載可以通過傳統(tǒng)方法(如病毒轉(zhuǎn)染、脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染或電穿孔等)轉(zhuǎn)染來源細(xì)胞,編碼感興趣的RNA或蛋白質(zhì),也可以使藥物與來源細(xì)胞共混,使細(xì)胞分泌產(chǎn)生含有目標(biāo)生物分子的外泌體。體外藥物裝載則首先需要得到純化的外泌體,然后將感興趣的藥物通過電穿孔或脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染等方法裝入純化的外泌體。外泌體內(nèi)可裝載的藥物包括小分子化學(xué)藥物、蛋白質(zhì)和多肽、核酸藥物、天然產(chǎn)物等。湖南豚鼠科研技術(shù)服務(wù)購買外泌體在生物醫(yī)學(xué)方面有哪些應(yīng)用。
實(shí)驗(yàn)樣本分類實(shí)驗(yàn)一般采取樣本有:血液樣本、樣本和細(xì)胞樣本。通常,樣本采集后,應(yīng)立即用等滲溶液(PBS或生理鹽水)盡量把血液漂洗干凈(除非血液也是分析對(duì)象),用濾紙或紗布吸干,把樣本分切成幾分,每份的體積約2個(gè)黃豆大小,每份用一個(gè)管子裝。血液樣本的采集應(yīng)根據(jù)不同實(shí)驗(yàn)的要求,將會(huì)采取不同策略。血清樣本:全血中不加抗凝劑,血液凝固后取出的不含凝血因子的淡黃色透明液體。(全血標(biāo)本室溫放置2小時(shí)3000rpm/min離心15min)血漿樣本:全血中加抗凝劑,血液凝固后取出的含凝血因子的淡黃色透明液體。(可用EDTA或肝素作為抗凝劑,標(biāo)本采集后30分鐘內(nèi)于2-8℃,3000rpm/min離心15min)如果是做生化\ELISA等檢測(cè)可以考慮血漿和血清,根據(jù)獲得的樣本量可考慮分裝成100-500μl/管,可避免反復(fù)凍融造成的檢測(cè)誤差。生化:建議優(yōu)先選擇血清,其次選擇肝素抗凝血漿;ELISA:建議優(yōu)先選擇血清,其次選擇肝素或EDTA抗凝血漿;凝血實(shí)驗(yàn):只能選擇枸櫞酸鈉抗凝血漿;血常規(guī):只能選擇EDTA抗凝全血;如果要收集其中的白細(xì)胞、血小板等建議用抗凝全血。如果要做流式建議用專門的流式用血液收集管,防止表面抗原的丟失,或者盡快安排就近檢測(cè)。樣本處理取樣完后。
代謝組學(xué)的研究對(duì)象大都是相對(duì)分子量在1000以內(nèi)的小分子物質(zhì),因此常用的血液樣本在取樣后,應(yīng)小心操作,防止溶血,盡快分離出血清,分置于溫環(huán)境下保存。由于用于理實(shí)驗(yàn)的動(dòng)物采集相對(duì)其他樣品的采集,操作更繁瑣,在處理過程中許多細(xì)節(jié)容易忽略,造成數(shù)據(jù)不完美(甚至不能用)。因此接下來將重點(diǎn)介紹樣品采集的注意事項(xiàng)及其固定。樣品采集注意事項(xiàng)應(yīng)新鮮,操作時(shí)間盡可能短,否則細(xì)胞發(fā)生死后變化、自融及現(xiàn)象。是動(dòng)物心臟還在跳動(dòng)時(shí)采集,樣本取出后在5分鐘以內(nèi)置于固定液內(nèi),避免長時(shí)間暴露在空氣環(huán)境中。塊盡量小而薄。塊的厚度以不超過5mm為宜,較為理想的厚度為2mm左右,主要目的是使固定液迅速而均勻的滲入塊內(nèi)部。勿使塊受擠壓。在采集過程中,應(yīng)盡量選擇較為鋒利的手術(shù),如手術(shù)刀片等,避免操作過程中擠壓挫傷標(biāo)本。擠壓過的均不可用。固定液的量一般以塊大小的20倍為宜,能夠在容器內(nèi)自由移動(dòng)。盡量保持的原有形態(tài)。新鮮經(jīng)固定后,或多或少產(chǎn)生收縮現(xiàn)象(如胃腸),為此可將展平,以盡可能維持原形。保持清潔。塊上如有血液、污物、粘液、食物、糞便等,可用生理鹽水沖洗,然后再入固定液,但要注意防止損傷。要熟悉采集部位。要能準(zhǔn)確的按解剖部位采集。隨著跨學(xué)科研究的深入開展,動(dòng)物疾病模型將在未來發(fā)揮更為普遍的作用,成為生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域研究工具。
二甲苯Ⅰ、Ⅱ各15min至透明。(2)放入二甲苯和石蠟等量混合液處理15min,再放入石蠟Ⅰ、Ⅱ透蠟各50~60min。透蠟在恒溫箱內(nèi)進(jìn)行,箱內(nèi)溫度保持在55~60℃左右。4、包埋(1)用鑷子夾取蠟?zāi)T?span style="color:#f5c81c;">酒精燈上稍加熱,并倒入少許從溫箱中取出的純石蠟。(2)再將鑷子在酒精燈上稍加熱,夾取材料將切面朝下放入蠟?zāi)V?,排列整齊,再放上包埋盒,輕輕倒入熔蠟。5、切片、展片、貼片(1)將包埋好的石蠟塊固定在切片機(jī)上,調(diào)整厚度調(diào)節(jié)器到所需的切片厚度,一般為4~6μm。(2)切下的組織薄片要放到加熱的水中燙平,再貼到載玻片上,放45℃恒溫箱中烘干。二、HE染色1、脫蠟、復(fù)水(1)保持水浴鍋溫度為60℃,將切片放入干燥的染色缸內(nèi),放入水浴鍋中,30min至蠟熔化。(2)石蠟切片經(jīng)二甲苯Ⅰ、Ⅱ脫蠟各5min,然后放入100%、95%、90%、80%、70%各級(jí)酒精溶液中各3~5min,再放入蒸餾水中3min,以便染料可以進(jìn)入組織。2、染色、脫水(1)切片放入蘇木精中染色約10~30min,用流水沖洗約15min,使切片顏色變藍(lán)。(2)將切片放入1%鹽酸乙醇液中褪色,幾秒后見切片變紅、顏色較淺即可,后將切片再放入流水中使其恢復(fù)藍(lán)色。(3)切片放入50%、70%、80%乙醇中各3~5min。這種技術(shù)是將蛋白質(zhì)視為抗原,并利用抗體與之進(jìn)行特異性結(jié)合的特性,來進(jìn)行研究。河北乳鼠科研技術(shù)服務(wù)外包
動(dòng)物疾病模型可以分為兩種類型:自然模型和人工模型。血液科研技術(shù)服務(wù)技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組和m6A分析顯示精子發(fā)生相關(guān)基因的表達(dá)和選擇性剪接發(fā)生了改變[19]。YTHDC2可促進(jìn)靶基因的翻譯效率,并降低其mRNA的豐度,在精子發(fā)生過程中起關(guān)鍵作用。當(dāng)減數(shù)分裂開始時(shí)YTHDC2表達(dá)上調(diào),YTHDC2敲除小鼠的生殖細(xì)胞沒有經(jīng)過偶線期的發(fā)育導(dǎo)致小鼠不育[20]。在DNA損傷反應(yīng)中,METTL3可促進(jìn)DNA聚合酶κ(Polκ)與核酸剪切修復(fù)途徑快速定位到UV引起的DNA損傷位點(diǎn),當(dāng)缺失METTL3時(shí),細(xì)胞無法迅速修復(fù)UV照射引起的突變,并且對(duì)UV照射更加敏感[25]。在淋巴細(xì)胞性小鼠過繼轉(zhuǎn)移模型中,Mettl3缺陷通過影響mRNAm6A修飾,降低SOCS家族mRNA衰減,增加mRNA和蛋白表達(dá)水平,從而抑制IL-7介導(dǎo)的STAT5活性和T細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)增殖和分化,進(jìn)而抑制腸炎的發(fā)生[21]。在肝中,METTL14通過調(diào)控pri-miRNA的m6A修飾,影響MiR-126的生成加工,從而抑制肝的轉(zhuǎn)移[22]。在乳腺細(xì)胞中,低氧刺激能促進(jìn)依賴低氧誘導(dǎo)因子HIF的ALKBH5的表達(dá),而ALKBH5過表達(dá)降低了NANOGmRNA的m6A修飾,從而穩(wěn)定mRNA提高NANOG的表達(dá)水平,終增加乳腺干細(xì)胞所占的比例[23]。此外,低氧誘導(dǎo)乳腺細(xì)胞中依賴ZNF217的NANOG和KLF4的mRNAm6A甲基化抑制,且ALKBH5敲除降低免疫缺陷小鼠乳腺的肺轉(zhuǎn)移[24]。在肺中。血液科研技術(shù)服務(wù)技術(shù)