RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]?!熬幋a器(Writer)”即甲基轉(zhuǎn)移酶,目前已知這個復(fù)合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉(zhuǎn)甲基化;m6A由m6A結(jié)合蛋白識別,目前發(fā)現(xiàn)m6A結(jié)合蛋白(讀碼器)有YTH結(jié)構(gòu)域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統(tǒng)METTL3是早先被鑒定為結(jié)合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細(xì)胞、Hela細(xì)胞和HepG2細(xì)胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細(xì)胞核內(nèi)亞細(xì)胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關(guān)。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體的新亞基。動物疾病模型可以分為兩種類型:自然模型和人工模型。湖南豚鼠科研技術(shù)服務(wù)購買
首先,預(yù)實(shí)驗(yàn)必須要當(dāng)做正式實(shí)驗(yàn)來對待(態(tài)度要放端正,這是必須的)。預(yù)實(shí)驗(yàn)的每一步都需要詳細(xì)規(guī)劃,多方籌謀。不論是實(shí)驗(yàn)動物的選擇,還是檢測試劑的購買,都盡量和正式實(shí)驗(yàn)統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)。建議大家先把所有試劑和購買完畢后,再去購買實(shí)驗(yàn)動物。因?yàn)閯游飼L胖,長胖后給劑量就要增加,不僅多花錢,并且還容易影響實(shí)驗(yàn)效果。筆者曾經(jīng)提前將實(shí)驗(yàn)動物買回,但因?yàn)樘厥庠驔]能購買到造模,終只能忍痛割愛將動物贈送他人,白白虧了一筆血汗錢(那批老鼠在我這兒白吃白喝長得太胖,沒辦法用作造模)。動物及試劑購買首先需要考慮:實(shí)驗(yàn)動物品種、體重、性別、周齡(通常根據(jù)既往文獻(xiàn)報道可以獲得答案)、數(shù)量(需要考慮到實(shí)驗(yàn)有一定動物死亡率或者動物本身會打架互毆,因此需要提前購買足夠的動物)。動物購買的途徑、安置的地點(diǎn),飲食管理(一般實(shí)驗(yàn)室會有動物房,也可以從其他地方購買),動物免證明、倫理證明需要提前準(zhǔn)備好。實(shí)驗(yàn)相關(guān)的試劑和:比如造模和,動物干預(yù)所需,陽性選擇及購買(有些購買很困難,必須通過特殊程序才能買到)。如果涉及到有創(chuàng)操作,要提前準(zhǔn)備好(建議提前購買),手術(shù)。需要了解自身實(shí)驗(yàn)平臺能完成哪些技術(shù)。河北乳鼠科研技術(shù)服務(wù)技術(shù)動物疾病模型在科研中有著普遍的應(yīng)用。
應(yīng)退回純酒精中重新脫水,然后再透明,否則切片難以鏡檢。(4)二甲苯應(yīng)盡量保持無水,應(yīng)經(jīng)常更換,或用紗布包無水硫酸銅放入染色缸內(nèi)吸收水分。5.透蠟注意事項(xiàng)(1)透蠟的目的是除去組織中的透明劑(如二甲苯等),使石蠟滲透到組織內(nèi)部達(dá)到飽和程度以便包埋。透蠟時間根據(jù)組織大小而定。(2)盡量保持在較低溫度中進(jìn)行,以石蠟不凝固為度。(3)透蠟溫度要恒定,不可忽高忽低。(4)操作要迅速,力求在短的時間內(nèi)完成石蠟透入過程,以免引起組織變硬、變脆、收縮等。(5)注意溫度不要過高,以免組織發(fā)脆。6.染色水洗注意事項(xiàng)(1)染色原理:伊紅主要染細(xì)胞質(zhì),著色濃淡應(yīng)與蘇木精染細(xì)胞核的濃淡相配合,如果細(xì)胞核染色較濃,細(xì)胞質(zhì)也應(yīng)濃染,以獲得鮮明的對比。(2)染色時間應(yīng)根據(jù)染色劑的成熟程度及室溫高低,適當(dāng)縮短或延長。室溫高時促進(jìn)染色,染色時間可短些,否則可適當(dāng)延長時間,冬季室溫低時可放入恒溫箱中染色。(3)注意流水不能過大,以防切片脫落。(4)如果細(xì)胞核染色較淺,細(xì)胞質(zhì)也應(yīng)淡染。可在伊紅乙醇液中滴加數(shù)滴冰醋酸助染,促使細(xì)胞質(zhì)容易著色,并且經(jīng)乙醇脫水時不易褪色。
m6A修飾圖譜構(gòu)建及作用機(jī)制:通過m6A甲基化測序(MeRIP-Seq,miCLIP)構(gòu)建疾病細(xì)胞模型或者發(fā)病組織的m6A修飾譜,分析m6A的motif,peaks數(shù)量及分布,Peak關(guān)聯(lián)基因的特征,聯(lián)合RNA-seq研究m6A甲基化與表達(dá)的關(guān)系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機(jī)制,作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質(zhì)瘤增殖相關(guān)的FOXM1,通過qPCR、WB、免疫熒光、核質(zhì)分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實(shí)驗(yàn)證明ALKBH5通過去甲基化調(diào)節(jié)FOXM1在GSCs中的表達(dá)。為研究ALKBH5對FOXM1的作用是否受其他因子的調(diào)節(jié),作者研究了FOXM1的鄰近基因,發(fā)現(xiàn)lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補(bǔ),且共表達(dá)、共定位,進(jìn)一步通過RIP,RNApulldown等實(shí)驗(yàn)證明lncRNAFOXM1-AS促進(jìn)ALKBH5和FOXM1初級轉(zhuǎn)錄本的相互作用。通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達(dá)和細(xì)胞增殖,從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細(xì)胞中m6A修飾的特征和基因表達(dá)的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進(jìn)了人類癥的發(fā)生。傳統(tǒng)的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化,組蛋白修飾和染色質(zhì)重構(gòu)。近??破罩R —了解IgM、IgG、IgA、IgE四種抗體。
注意事項(xiàng)1.病毒包裝的幾個關(guān)鍵點(diǎn)主要包括:細(xì)胞因素、載體系統(tǒng)(盡量使用成熟的商業(yè)化載體系統(tǒng))、構(gòu)建重組的質(zhì)粒正確與否、質(zhì)粒抽提純化情況、包裝轉(zhuǎn)染控制(24、48小時的細(xì)胞及熒光狀態(tài)判斷)、目的基因?qū)?span style="color:#f5c81c;">病毒包裝影響(基因大小、序列情況、蛋白功能毒性等都會影響到是否能包裝成功)。,需要觀察包裝病毒后的48h培養(yǎng)基顏色是否橙紅。3.病毒濃縮:病毒一般在48h和72h各收一次。如果不想濃縮病毒的話,也可以直接將收集的病毒上清作為要的細(xì)胞的培養(yǎng)基,但是可能效果會不太好。并且一般收病毒時,培養(yǎng)基的營養(yǎng)已經(jīng)損耗了很多,那樣直接培養(yǎng)細(xì)胞會損害細(xì)胞,所以建議還是進(jìn)行濃縮后再。常見問題1.包裝病毒時293T細(xì)胞狀態(tài)不好,或者鋪得過密,可以選擇放棄該次實(shí)驗(yàn)。2.目的載體過大,不易。3.避免轉(zhuǎn)染過程以及后續(xù)過程出現(xiàn)的污染。培養(yǎng)基有很多不同的名字是因?yàn)楦鶕?jù)不同細(xì)胞的培養(yǎng)和應(yīng)用場景。病理科研技術(shù)服務(wù)分離
人工模型是指通過人工手段制造的疾病模型。湖南豚鼠科研技術(shù)服務(wù)購買
包被)|不透明微孔板|微孔板蓋|微孔板封口|其它色譜柱空色譜柱|離子交換色譜柱|分子篩色譜柱|正相色譜柱|反相色譜柱|親和色譜柱|疏水作用色譜柱|特制色譜柱|色譜介質(zhì)離子交換色譜介質(zhì)|分子篩色譜介質(zhì)|親和色譜介質(zhì)疏水作用色譜介質(zhì)|羥基磷灰石色譜介質(zhì)|吸附色譜介質(zhì)|陶瓷化氟代磷灰石介質(zhì)|活化色譜介質(zhì)|其它生物分子/抗素|維生素|氨基酸|核苷酸|脂|糖類|白三烯|前列腺素|藥物結(jié)合物|常用生化試劑EDTA|DTT|Tris|SDS|MOPS|HEPES|水|分子生物學(xué)緩沖液|酶限制性內(nèi)切酶|蛋白酶|核酸酶|激酶|聚合酶|連接酶|反轉(zhuǎn)錄酶|磷酸酶|蛋白質(zhì)/抗原/多肽免疫球蛋白|封閉肽|人蛋白和抗原|小鼠蛋白和抗原|細(xì)菌蛋白和抗原|病毒蛋白和抗原植物蛋白和抗原|其它蛋白和抗原|細(xì)胞質(zhì)蛋白|cDNA及合成純化cDNA全長基因|RNA|cDNA合成|cDNA相關(guān)試劑|cDNA選擇和分離|cDNA純化|反轉(zhuǎn)錄試劑|mRNA分離|PCR/RT-PCR/qPCRPCR引物|PCR試劑|PCR對照|特異性PCR試劑盒PCR克隆試劑盒|RT-PCR標(biāo)準(zhǔn)品|定量PCR試劑|定量PCR標(biāo)記|其它載體及構(gòu)建M13克隆載體|細(xì)菌克隆載體|病毒克隆載體|穿梭克隆載體|細(xì)菌人工染色體|細(xì)菌表達(dá)載體|真核表達(dá)載體|昆蟲細(xì)胞載體|文庫及構(gòu)建cDNA文庫|基因組文庫|噬菌體展示文庫|雙雜交cDNA文庫|基因組D。湖南豚鼠科研技術(shù)服務(wù)購買