RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]?!熬幋a器(Writer)”即甲基轉移酶,目前已知這個復合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉甲基化;m6A由m6A結合蛋白識別,目前發(fā)現(xiàn)m6A結合蛋白(讀碼器)有YTH結構域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統(tǒng)METTL3是早先被鑒定為結合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細胞、Hela細胞和HepG2細胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細胞核內(nèi)亞細胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉移酶復合體的新亞基。動物疾病模型在科研中有著普遍的應用。病理科研技術服務服務
二甲苯Ⅰ、Ⅱ各15min至透明。(2)放入二甲苯和石蠟等量混合液處理15min,再放入石蠟Ⅰ、Ⅱ透蠟各50~60min。透蠟在恒溫箱內(nèi)進行,箱內(nèi)溫度保持在55~60℃左右。4、包埋(1)用鑷子夾取蠟模在酒精燈上稍加熱,并倒入少許從溫箱中取出的純石蠟。(2)再將鑷子在酒精燈上稍加熱,夾取材料將切面朝下放入蠟模中,排列整齊,再放上包埋盒,輕輕倒入熔蠟。5、切片、展片、貼片(1)將包埋好的石蠟塊固定在切片機上,調(diào)整厚度調(diào)節(jié)器到所需的切片厚度,一般為4~6μm。(2)切下的組織薄片要放到加熱的水中燙平,再貼到載玻片上,放45℃恒溫箱中烘干。二、HE染色1、脫蠟、復水(1)保持水浴鍋溫度為60℃,將切片放入干燥的染色缸內(nèi),放入水浴鍋中,30min至蠟熔化。(2)石蠟切片經(jīng)二甲苯Ⅰ、Ⅱ脫蠟各5min,然后放入100%、95%、90%、80%、70%各級酒精溶液中各3~5min,再放入蒸餾水中3min,以便染料可以進入組織。2、染色、脫水(1)切片放入蘇木精中染色約10~30min,用流水沖洗約15min,使切片顏色變藍。(2)將切片放入1%鹽酸乙醇液中褪色,幾秒后見切片變紅、顏色較淺即可,后將切片再放入流水中使其恢復藍色。(3)切片放入50%、70%、80%乙醇中各3~5min。山西外包科研技術服務實驗室總的來說,動物疾病模型是一種重要的研究工具,可以幫助科學家們更好地了解疾病的發(fā)生機制和開發(fā)新方法.
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m6A修飾圖譜構建及作用機制:通過m6A甲基化測序(MeRIP-Seq,miCLIP)構建疾病細胞模型或者發(fā)病組織的m6A修飾譜,分析m6A的motif,peaks數(shù)量及分布,Peak關聯(lián)基因的特征,聯(lián)合RNA-seq研究m6A甲基化與表達的關系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機制,作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質瘤增殖相關的FOXM1,通過qPCR、WB、免疫熒光、核質分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實驗證明ALKBH5通過去甲基化調(diào)節(jié)FOXM1在GSCs中的表達。為研究ALKBH5對FOXM1的作用是否受其他因子的調(diào)節(jié),作者研究了FOXM1的鄰近基因,發(fā)現(xiàn)lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補,且共表達、共定位,進一步通過RIP,RNApulldown等實驗證明lncRNAFOXM1-AS促進ALKBH5和FOXM1初級轉錄本的相互作用。通過細胞實驗進一步驗證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達和細胞增殖,從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細胞中m6A修飾的特征和基因表達的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進了人類癥的發(fā)生。傳統(tǒng)的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化,組蛋白修飾和染色質重構。近。動物疾病模型是一種用于研究人類疾病的重要工具。
且研究表明HNRNPC通過m6A與RNA結合調(diào)控目標轉錄本的豐度和選擇性剪切[9].圖1m6A修飾的酶系統(tǒng)[10]m6A生物學功能越來越多的證據(jù)表明m6A修飾在哺乳動物中發(fā)揮重要的生物功能。例如,在轉錄水平上調(diào)控RNA的穩(wěn)定性[11]、定位[12]、運輸、剪切[13]和翻譯[14]。ClaudioR.等發(fā)現(xiàn)依賴METTL3的pri-miRNA甲基化,會促進DGCR8識別和加工,從而促進microRNA的成熟[15]。此外,m6A識別蛋白HNRNPA2B1促進pri-miRNA加工成pre-miRNA[16]。另外,環(huán)狀RNA上m6A的修飾能促進環(huán)狀RNA的翻譯[17]。m6A修飾在基因表達調(diào)控中起著重要的作用,其調(diào)控機制的異??赡芘c人類疾病或相關。目前發(fā)現(xiàn)m6A可能會影響精子發(fā)育(ALKBH5,METTL3,Ythdc2)、發(fā)育(METTL3、FTO、ALKBH5)、免疫(METTL3)、UV誘導的DNA損傷反應(METTL3,F(xiàn)TO)、生成(YTHDF2)或轉移(METTL14)、干細胞更新(METTL14)、脂肪分化(FTO)、生物節(jié)律、細胞發(fā)育分化、細胞分裂及其它的一些生命過程。例如,ALKBH5敲除的雄性小鼠增加了mRNA中的m(6)A修飾,其特點是凋亡影響減數(shù)分裂中期的精子細胞,引起生育能力受損[7]。METTL3和METTL14增加弱精癥精子的m6A水平[18],在生殖細胞中,METTL3的敲除嚴重抑制精子分化和減數(shù)分裂的發(fā)生。生物分子學是研究生命體系中分子結構、功能和相互作用的學科。外包科研技術服務構建
生物分子學的研究范圍非常廣,包括蛋白質、核酸、糖類、脂質等生物分子的結構、功能和相互作用等方面。病理科研技術服務服務
外泌體作為藥物載體由于特殊的結構和循環(huán)方式,外泌體作為藥物運輸?shù)妮d體具有獨特的優(yōu)勢。例如外泌體的尺寸分布能夠增強滲透滯留效應,從而有選擇性地深入組織;其外層磷脂雙分子層可以保護內(nèi)容物不受各種生物酶的影響,維持各種生物分子的活性;外泌體普遍存在于各種體液和組織中,其體積小,結構、組成與細胞膜類似,導致外泌體可以在避開免疫系統(tǒng)監(jiān)督的同時深入組織內(nèi)部,有較好的生物相容性;當采用內(nèi)源外泌體時,能明顯降低其他藥物載體可能引起的有害免疫反應;除此之外,某些細胞來源或經(jīng)特殊修飾過的外泌體具有良好的特異性,可以與特定的或組織結合。因此,載藥成為外泌體研究的一個重要分支,具有良好的應用前景。在外泌體中引入藥物的方式包括體內(nèi)裝載和體外裝載兩種。體內(nèi)藥物裝載可以通過傳統(tǒng)方法(如病毒轉染、脂質體轉染或電穿孔等)轉染來源細胞,編碼感興趣的RNA或蛋白質,也可以使藥物與來源細胞共混,使細胞分泌產(chǎn)生含有目標生物分子的外泌體。體外藥物裝載則首先需要得到純化的外泌體,然后將感興趣的藥物通過電穿孔或脂質體轉染等方法裝入純化的外泌體。外泌體內(nèi)可裝載的藥物包括小分子化學藥物、蛋白質和多肽、核酸藥物、天然產(chǎn)物等。病理科研技術服務服務