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蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn):1、全方面性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)以整個(gè)細(xì)胞蛋白為研究對(duì)象,研究?jī)?nèi)容包括了細(xì)胞內(nèi)具有生命功能的蛋白,如細(xì)胞增生、細(xì)胞分裂和細(xì)胞分化等相關(guān)蛋白,因而研究更為全方面。2、可靠性:傳統(tǒng)的生物學(xué)研究蛋白質(zhì)磷酸化往往針對(duì)特定條件,以兩個(gè)蛋白或更多蛋白之間的相互作用為出發(fā)點(diǎn),具有局限性,缺乏整體認(rèn)識(shí)。磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)則可檢測(cè)不同蛋白激酶及磷酸化酶對(duì)同一個(gè)蛋白磷酸化程度的影響,因而結(jié)果具有普遍性和可靠性。3、有效性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)反映的是細(xì)胞內(nèi)真實(shí)發(fā)生的事件,在一次試驗(yàn)中考慮了不同變量,克服了生物學(xué)中逐步添加變量的缺陷。4、探索性:磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)以細(xì)胞內(nèi)蛋白為研究對(duì)象,相對(duì)于傳統(tǒng)的生物學(xué)研究以及蛋白質(zhì)芯片,更易發(fā)現(xiàn)未知的新磷酸化位點(diǎn)和磷酸化蛋白質(zhì)。如果可以聯(lián)合生物學(xué)技術(shù),則可以發(fā)現(xiàn)具有磷酸化或者去磷酸化功能的酶。常見(jiàn)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括糖基化。廣東氧化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)主要方式
蛋白質(zhì)磷酸化修飾類型:根據(jù)磷酸氨基酸殘基的不同,可將磷酸化蛋白質(zhì)分為4類,即O-磷酸鹽蛋白質(zhì)、N-磷酸鹽蛋白質(zhì)、?;姿猁}蛋白質(zhì)和S-磷酸鹽蛋白質(zhì)。1、O-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過(guò)羥氨基酸(如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸)的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過(guò)精氨酸、賴氨酸或組氨酸的磷酸化形成。3、 ?;姿猁}蛋白質(zhì)通過(guò)天冬氨酸或谷氨酸的磷酸化形成。4、 S-磷酸鹽蛋白質(zhì)通過(guò)半胱氨酸磷酸化形成。蛋白質(zhì)磷酸化修飾鑒定方法:免疫印跡技術(shù)是在凝膠電泳和固相免疫測(cè)定技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的、根據(jù)特定抗原-抗體的特異性反應(yīng)來(lái)檢測(cè)復(fù)雜樣品中的某種蛋白質(zhì)的免疫生化分析方法。哈爾濱蛋白質(zhì)棕櫚酰化修飾組學(xué)主要方式蛋白質(zhì)的磷酸化修飾是生物體內(nèi)重要的共價(jià)修飾方式之一。
蛋白質(zhì)翻譯后修飾在蛋白質(zhì)中磷酸化位點(diǎn)分析時(shí)應(yīng)該注意些什么問(wèn)題?覆蓋率:覆蓋率越高,檢測(cè)和鑒定含有修飾基團(tuán)的肽幾率就越大。修飾位點(diǎn)的占有率:被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低,則檢測(cè)到修飾肽的機(jī)會(huì)會(huì)隨之減少。如果百分比較高(> 30%),則有助于識(shí)別修飾位點(diǎn)。棕櫚?;鞍仔揎椯|(zhì)譜鑒定方法:S-棕櫚?;闹饕δ苁谴龠M(jìn)蛋白質(zhì)與細(xì)胞膜的結(jié)合。蛋白質(zhì)可以由一個(gè)棕櫚酰基組成,也可以與更多棕櫚基或與其他脂質(zhì),如豆蔻?;S捎趯?duì)S-棕櫚?;鞍追治鋈匀痪哂刑魬?zhàn)性,由于S-棕櫚酰化修飾蛋白亞水平以及疏水性和潛在不穩(wěn)定的硫代質(zhì)鏈的S-脂?;摹,F(xiàn)在常用的幾種方法可以捕獲S-脂?;鞍滓约皩?duì)目標(biāo)修飾蛋白進(jìn)行捕獲。
蛋白翻譯后修飾:蛋白質(zhì)氨基酸序列的特定位置可以與化學(xué)基團(tuán)或者小分子量的蛋白共價(jià)結(jié)合從而發(fā)生蛋白質(zhì)翻譯后修飾(post-translational modifications,PTMs)。翻譯后修飾是蛋白質(zhì)生物合成的一個(gè)步驟,翻譯后多肽鏈在成為成熟的蛋白質(zhì)產(chǎn)品之前要經(jīng)過(guò)修飾,PTMs的類型包括磷酸化、乙酰化、糖基化、泛素化和二硫鍵等等,它導(dǎo)致蛋白質(zhì)組復(fù)雜性的大幅增加。對(duì)于任何給定的蛋白質(zhì),各種各樣的PTMs提供了一種通過(guò)改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能來(lái)促進(jìn)細(xì)胞快速變化的方法。PTMs在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和周轉(zhuǎn)率、蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)識(shí)別和相互作用以及空間定位中起著至關(guān)重要的作用。在蛋白翻譯后修飾方式的鑒定過(guò)程中,蛋白會(huì)首先被酶切成肽段,然后進(jìn)入質(zhì)譜進(jìn)行分析。
質(zhì)譜分析乙?;鞍踪|(zhì)組:質(zhì)譜分析技術(shù)可以對(duì)蛋白質(zhì)組中的乙?;鞍走M(jìn)行鑒定、乙?;稽c(diǎn)定位以及定量。當(dāng)質(zhì)譜用于乙酰化定量蛋白組研究中時(shí),因?yàn)橐阴;鞍踪|(zhì)在生物樣本中含量低、動(dòng)態(tài)范圍廣,需要先對(duì)乙酰化肽段進(jìn)行富集,然后再對(duì)富集得到的乙?;亩螛悠愤M(jìn)行定量分析。質(zhì)譜定量乙?;鞍捉M采用肽段預(yù)分離降低高豐度蛋白的影響,結(jié)合免疫共沉淀通過(guò)高效的抗體富集乙?;碾亩?,從而實(shí)現(xiàn)大規(guī)模乙酰化的鑒定及定量。為了鑒定和定量更多的乙酰化肽段,在酶切過(guò)程中還可使用多種不同的酶對(duì)蛋白樣品進(jìn)行酶切。常見(jiàn)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括乙?;?。貴州蛋白質(zhì)亞硝基化修飾組學(xué)類型
蛋白質(zhì)乙?;揎椊M學(xué)技術(shù)對(duì)細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的刺激有著重要的作用。廣東氧化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)主要方式
蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的類型:翻譯后修飾的類型包括N端fMet或Met的去除、二硫鍵的形成、化學(xué)修飾和肽鍵的裂解,其中磷酸化是比較常見(jiàn)的。蛋白質(zhì)的化學(xué)修飾反應(yīng)是在維持蛋白質(zhì)的完整性和功能性的基礎(chǔ)上,通過(guò)基于其氨基酸殘基的化學(xué)反應(yīng)獲得新的生物結(jié)合物。翻譯后修飾在哪里發(fā)生?翻譯后修飾主要發(fā)生在氨基酸側(cè)鏈或蛋白質(zhì)的C端或N端。現(xiàn)有的官能團(tuán)或新官能團(tuán)的引入可被用于修飾蛋白質(zhì),以擴(kuò)展20個(gè)標(biāo)準(zhǔn)氨基酸的化學(xué)組成。翻譯后修飾的位點(diǎn)通常帶有可以在化學(xué)反應(yīng)中充當(dāng)親核試劑的官能團(tuán),如絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸的羥基;賴氨酸、精氨酸和組氨酸胺形式;同時(shí),在蛋白質(zhì)的N端和C端,天冬酰胺也可作為翻譯后修飾中的一種聚糖連接點(diǎn)。翻譯后修飾也發(fā)生在氧化的蛋氨酸和側(cè)鏈位點(diǎn)的一些亞甲基上。廣東氧化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)主要方式
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