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轉(zhuǎn)錄組學為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風險。轉(zhuǎn)錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標,差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標基因?對不同的差異組合進行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象;根據(jù)前人的文獻報道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組具有空間特異性的特點。河南SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發(fā)育過程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設計和控制,盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫(一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫)是可以測到以上4種RNA的。河南SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄學組測序無需預先針對已知序列設計探針。
宏轉(zhuǎn)錄組學也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學,指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律,以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制,探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領域。宏轉(zhuǎn)錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題,能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域:包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學的應用:RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析(質(zhì)控,mapping,差異基因表達分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達變化。同一組織,不同物種:研究基因的進化關(guān)系。時間序列實驗:基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系?;蚍诸悾赫业郊毎禺?,疾病相關(guān),處理相關(guān)的基因表達模式,用于診斷疾病和預測等?;蚓W(wǎng)絡和通路:基因在細胞活動中的功能,基因間的相互作用。轉(zhuǎn)錄組學分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。
RNA-Seq,是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進行mRNA富集,然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進行的新一代高通量測序,在此基礎上進行片段的拼接組裝,從而可得到一個個的轉(zhuǎn)錄本,進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進行比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化,針對關(guān)鍵基因則可以進行代謝通路(Pathway)的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學可以對任意物種進行全基因組分析。南京宏轉(zhuǎn)錄學組技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學可應用于基因點突變及多態(tài)性檢測。河南SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
轉(zhuǎn)錄組學測序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,導致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,影響測序結(jié)果的準確性;同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。河南SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學檢測價格
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