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貴陽全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

來源: 發(fā)布時間:2022-03-11

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。貴陽全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學(xué)家也逐漸認(rèn)識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。武漢RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求,電泳檢測28S:18S至少大于1.8。

轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,指細(xì)胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。對RNA的分析。分析應(yīng)該是分幾個維度的DNA到RNA,RNA的剪切拼接,RNA的翻譯。表達譜有兩種,分別是基因表達譜和蛋白質(zhì)表達譜?;虮磉_譜是指細(xì)胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜,可從整體水平研究代謝機制,認(rèn)識基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)重要基因。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。優(yōu)勢:高通量、更精確的數(shù)字信號;在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測;分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本;準(zhǔn)確地識別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向:植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);表達差異的研究;基因點突變及多態(tài)性檢測。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序類型:1.根據(jù)RNA種類:可以分為mRNA測序,SmallRNA測序,LncRNA測序、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等。2.根據(jù)物種特點:比如真核生物或者原核生物,是否有參考基因組,測序平臺的不同,分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序,原核轉(zhuǎn)錄組測序,全長轉(zhuǎn)錄組測序等。3.根據(jù)相互關(guān)系:分為互作轉(zhuǎn)錄組,比較轉(zhuǎn)錄組等等;此外,基因組甲基化會影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測序范疇;還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq,研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq,以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高,可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。河南RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號。貴陽全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己完成,又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單,序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。貴陽全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析研究

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