乙酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)分析:乙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析是指從蛋白質(zhì)組學(xué)的水平分析蛋白質(zhì)乙?;揎?,包括乙?;鞍踪|(zhì)的鑒定和定量。提供基于質(zhì)譜的乙?;鞍捉M研究服務(wù)。蛋白質(zhì)乙?;ńM蛋白乙?;头墙M蛋白乙?;?。組蛋白乙?;饕琴嚢彼嵋阴;?,已在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用方面被普遍的研究。非組蛋白乙?;瘶?gòu)成了哺乳動(dòng)物細(xì)胞中乙酰化蛋白的主要部分,參與了所有主要生物過(guò)程,包括蛋白質(zhì)的定位、轉(zhuǎn)移、功能和降解,遺傳物質(zhì)的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制等。除了重要的生物學(xué)功能以外,乙?;鞍踪|(zhì)及其調(diào)控酶還與衰老和多種疾病(如神經(jīng)變形紊亂、心血管疾病等)緊密相關(guān)。因此,對(duì)乙酰化修飾蛋白質(zhì)組進(jìn)行研究有助于進(jìn)一步探索細(xì)胞的生命活動(dòng)與了解相關(guān)疾病的發(fā)病機(jī)制。蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)具有可靠性。上海亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)
翻譯后修飾蛋白組學(xué)分析:蛋白質(zhì)組學(xué)的研究的工作不只聚焦于細(xì)胞不同生長(zhǎng)時(shí)期或是疾病條件下的蛋白質(zhì)表達(dá)水平變化,許多至關(guān)重要的生命進(jìn)程不只由蛋白質(zhì)相對(duì)豐度控制,更重要的是被時(shí)空特異分布的、可逆的翻譯后修飾所調(diào)控,因而揭示翻譯后修飾發(fā)生規(guī)律是解析蛋白質(zhì)復(fù)雜多樣的生物功能的一個(gè)重要前提。蛋白質(zhì)發(fā)生翻譯后修飾時(shí)其分子質(zhì)量會(huì)發(fā)生響應(yīng)的改變,通過(guò)質(zhì)譜能夠精確測(cè)定蛋白質(zhì)或多肽的分子質(zhì)量。同時(shí),發(fā)生翻譯后修飾的蛋白質(zhì)再樣本中含量低且動(dòng)態(tài)范圍廣,所以在質(zhì)譜檢測(cè)前需要對(duì)發(fā)生修飾的蛋白質(zhì)或肽段進(jìn)行富集。南京蛋白質(zhì)棕櫚?;揎椊M學(xué)分析價(jià)格質(zhì)譜可以用于已知和未知的翻譯后修飾檢測(cè)。
蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略:目前,有幾種分析蛋白質(zhì)翻譯后修飾的策略,包括質(zhì)譜(MS)、Eastern blotting、放射性標(biāo)記和Western blotting。放射性標(biāo)記和Western blotting是比較傳統(tǒng)、特異性和相對(duì)定量的方法。該過(guò)程需要事先知道翻譯后修飾類型。局限性包括抗體的特異性和可用性。質(zhì)譜技術(shù)也常被用于翻譯后修飾分析,不受修飾類型和相關(guān)修飾位點(diǎn)的現(xiàn)有知識(shí)的限制。自下而上:自下而上的技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中使用的質(zhì)譜策略之一。在根據(jù)序列鑒定肽之前,需要使用蛋白酶消化蛋白質(zhì)。由于該技術(shù)不能保證在檢測(cè)過(guò)程中被檢測(cè)肽的完整性和穩(wěn)定性,因此無(wú)法獲得不同蛋白質(zhì)翻譯后修飾之間關(guān)系的信息,這意味著它無(wú)法檢測(cè)到某些修飾。因此,該方法不適用于分析組蛋白的組合翻譯后修飾。
蛋白磷酸化檢測(cè)方法:一、Western Blot檢測(cè)方法優(yōu)勢(shì):1. WB方法簡(jiǎn)便,多數(shù)實(shí)驗(yàn)室具備Western Blot設(shè)備條件。2. 許多磷酸化抗體十分靈敏,能夠檢測(cè)低至10ug的蛋白樣品。3. 對(duì)于豐度低的蛋白,可以先通過(guò)IP使用目標(biāo)蛋白的抗體對(duì)目標(biāo)蛋白進(jìn)行富集,再進(jìn)行WB檢測(cè)被磷酸化的蛋白,檢測(cè)效率可以提高幾倍甚至幾十倍。二、質(zhì)譜檢測(cè)方法:Western Blot的方法雖然簡(jiǎn)便,但是對(duì)于大規(guī)模分析復(fù)雜的生物樣品的磷酸化水平就不再適用了。而質(zhì)譜卻能很好的解決這一問(wèn)題。依靠高準(zhǔn)確度質(zhì)譜儀,如今快速準(zhǔn)確分析細(xì)胞中高豐度蛋白的磷酸化修飾已是非常簡(jiǎn)單的事。具體的檢測(cè)方法為先通過(guò)SDS-PAGE膠,或者2D-PAGE膠等分離目標(biāo)蛋白,將含有目標(biāo)蛋白的條帶切下,胰酶消化,LC-MS/MS檢測(cè)分析蛋白序列和相應(yīng)位點(diǎn)的磷酸化修飾。這個(gè)方法適用于同時(shí)檢測(cè)多個(gè)目標(biāo)蛋白的磷酸化水平。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾通過(guò)可逆的共價(jià)鍵將小分子或蛋白質(zhì)與底物蛋白質(zhì)上特定的氨基酸結(jié)合。
蛋白質(zhì)乙?;揎椂x:蛋白質(zhì)在細(xì)胞中經(jīng)過(guò)翻譯后,到被運(yùn)輸?shù)较鄳?yīng)的細(xì)胞器并且發(fā)生特定的生物學(xué)作用前會(huì)經(jīng)過(guò)很重要的一步加工,那就是蛋白質(zhì)翻譯后修飾加工。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的活性、定位或功能。通過(guò)蛋白質(zhì)翻譯后修飾也進(jìn)一步增加了細(xì)胞通路機(jī)制和生命活動(dòng)的多樣性和復(fù)雜性。常見(jiàn)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括磷酸化,乙?;?,糖基化,泛素化等。蛋白質(zhì)乙?;揎?,顧名思義指的就是在蛋白質(zhì)原有基礎(chǔ)上面嫁接上乙酰化基團(tuán)。在細(xì)胞中,乙?;揎椀姆磻?yīng)由乙?;D(zhuǎn)移酶所催化,將乙酰輔酶A的乙?;D(zhuǎn)移并添加在蛋白質(zhì)賴氨酸殘基上。在早期的研究中,乙?;揎椧恢北徽J(rèn)為是真核細(xì)胞所特有的一種翻譯后修飾,直到后來(lái)研究發(fā)現(xiàn)原核細(xì)胞中年也存在著蛋白質(zhì)乙?;揎?。所以,乙?;揎検窃撕驼婧松锼灿械囊环N翻譯后修飾類型。蛋白質(zhì)翻譯后修飾可以改變蛋白質(zhì)的物理、化學(xué)性質(zhì)。貴陽(yáng)蛋白質(zhì)丙?;揎椊M學(xué)
質(zhì)譜可以分辨蛋白質(zhì)修飾前和修飾后分子量上的變化。上海亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)
蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾分析自中而下分析策略:自中而下的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同,直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后,用GluC進(jìn)行消化。然后用弱陽(yáng)離子交換/親水相互作用色譜(WCX-HILIC)與配備電子轉(zhuǎn)移解離(ETD)的高分辨率質(zhì)譜聯(lián)機(jī)聯(lián)用,對(duì)樣品進(jìn)行理想的分離。譜識(shí)別可以用傳統(tǒng)的軟件進(jìn)行,但是由于估計(jì)適當(dāng)?shù)腻e(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率的問(wèn)題,需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾。自上而下的技術(shù)可以直接引入完整的蛋白質(zhì)并在串聯(lián)質(zhì)譜儀上對(duì)其進(jìn)行片段化,不需要蛋白質(zhì)水解消化。目前,有兩種完全分離蛋白質(zhì)的方法:離線和在線。前者用四維分離法,后者用WCX-HILIC。上海亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)
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