單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):10×genomics技術(shù):首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分組成:Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個(gè)堿基的長(zhǎng)度。一共有400萬(wàn)種Barcode,一個(gè)微珠是對(duì)應(yīng)于一種Barcode,通過(guò)這400萬(wàn)種Barcode,可以把凝膠微珠給區(qū)分開(kāi)(通過(guò)barcode可以把cell分開(kāi))。UMI是一段隨機(jī)序列,也就是說(shuō)每一個(gè)DNA分子,都有自己的UMI序列(一個(gè)微珠上有很多種UMI,通過(guò)UMI可以把RNA分子分開(kāi),并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量)。10個(gè)堿基長(zhǎng)的UMI,有100萬(wàn)種序列的變化(4^10=1,048,576),UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來(lái)自于一個(gè)原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過(guò)10×genomics儀器將單個(gè)細(xì)胞與單個(gè)凝膠微珠通過(guò)油相混在一起,形成油包水的小微滴。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析
單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程:?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類(lèi)型(解離、分選和分離細(xì)胞等)量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始,然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列,量化、質(zhì)量控制(QC)過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析,例如聚類(lèi)分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類(lèi)型和亞群,等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異(SNV,用星號(hào)表示)或拷貝數(shù)變體(CNV)、軌跡分析、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境(TME)相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜,這些設(shè)計(jì)可能包括來(lái)自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)(例如,診療前和診療后)收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本,或來(lái)自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征,這些特征可能定義疾病中常見(jiàn)的干擾分子途徑。哈爾濱外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類(lèi)為:依賴(lài)于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn),索尾插接形成環(huán)化,然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體,再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?;蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì),然后通過(guò)可變剪切形成不同類(lèi)型的circRNA。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào),更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。基于高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì):(1)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度,同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題;(2)靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針,因此無(wú)需了解物種基因信息,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測(cè)范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。北京外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有:1、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,能夠檢測(cè)未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測(cè)范圍廣,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例,加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜分析
上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),是一家服務(wù)型的公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)等,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證。公司注重以質(zhì)量為中心,以服務(wù)為理念,秉持誠(chéng)信為本的理念,打造商務(wù)服務(wù)良好品牌。在社會(huì)各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗(yàn),為客戶(hù)成功提供堅(jiān)實(shí)有力的支持。