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深圳靶向代謝組學服務

來源: 發(fā)布時間:2022-03-22

代謝組學比較常用到的數據分析方法:代謝組學分析數據用于統(tǒng)計分析時,數據集通常為一個N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個樣本數,每一行表示一個樣品, K表示K個變量,每一列表示一個變量,在代謝組學中變量通常是指代謝物含量。單變量分析方法只分別分析單個變量,不考慮多個變量的相互作用與內在聯系。具有簡單性、易應用性和可解釋性。但是無法基于整體數據對所測樣品的優(yōu)劣、差異進行綜合評價和分析。差異倍數變化大?。‵old Change,FC)表示實驗組與對照組的含量比值,可以快速考察各個代謝物在不同組別之間的含量變化大小。相比于其他組學,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢?深圳靶向代謝組學服務

代謝組學細胞樣本收集:懸浮細胞:1)連同培養(yǎng)基轉移到1.5 mL的進口離心管中。2)低速離心5 min(低于3000 rpm),使細胞沉淀于離心管的底部(1*107個細胞為宜)。3)倒掉培養(yǎng)基(盡量倒干凈),用預冷的PBS反復沖洗2 ~ 3次,低速離心5 min,棄上清。4)標記離心管,將離心管的尖的一端插入液氮中,淬滅細胞沉淀1 min,-80 ℃凍存,干冰寄送。注意事項:1. 培養(yǎng)基傾倒時盡量倒干凈,可使用濾紙將殘留培養(yǎng)液吸凈;2. 甲醇/水請使用色譜純及以上規(guī)格;3. 液氮淬滅細胞時,請小心避免離心管破碎導致樣本受損;4. 建議細胞樣本在進行培養(yǎng)時多準備樣本,以備后續(xù)使用。深圳靶向代謝組學服務在食品安全領域,利用代謝組學工具發(fā)現農獸藥等在動植物體內的相關生物標志物也是一個熱點領域。

代謝組學有哪些特點?(1) 代謝處于系統(tǒng)生物學的末端,更能反映基因與外部環(huán)境互作的真實情況,因此,在多數生物表型研究上更加適用。(2) 常規(guī)代謝組學只關注內源性化合物,也有使用代謝組學技術測定外源性化合物的。內源性化合物的上調和下調指示了與疾病、毒性、基因修飾或環(huán)境因子的影響。(3) 高通量定量和定性研究生物小分子化合物。(4) 內源性化合物的結果可以作為疾病的診斷、藥物篩選或者其他分型評估等潛在生物標志物。謝組學通過揭示內在和外在因素影響下,生物體的代謝整體的變化軌跡來反映某種生理或病理的一系列發(fā)展過程。

代謝組學研究方法:代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質譜聯用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜峰,然后了解不同化合物的結構,建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對此進行更深入的研究。代謝組學的代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數目。

代謝組學樣本收集植物組織:果實、種子:1)對于含水量高、體積較大的果實(番茄、西瓜、蘋果等)需要先將樣品分成“均勻”的小塊(≈ 200 mg/樣本)分裝至2 mL離心管中,標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。2)對于細小的顆粒種子(擬南芥種子、谷物種子等),可以先將同一組的植株種子混勻后再分裝(≈ 200 mg/樣本)至離心管中,標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。3)對于要求對整個果實進行提取的(整粒葡萄等),需要把果實裝在50 mL離心管/自封袋中,標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少15min,-80 ℃凍存,干冰寄送。代謝組學主要研究的是各種代謝路徑的底物。深圳靶向代謝組學服務

代謝組學的代謝產物是基因表達的產物。深圳靶向代謝組學服務

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