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南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

來源: 發(fā)布時間:2022-04-01

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測試步驟:第1步就是把單個細(xì)胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細(xì)胞,跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細(xì)胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細(xì)胞量少,需要特殊處理。因為單細(xì)胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細(xì)胞里能檢測到,在另外一個細(xì)胞里面檢測不到,而每個細(xì)胞里面的檢測存在一個隨機性,同時單細(xì)胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強大工具。南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有:1、可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析,能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個重復(fù)為例,加上對照的三個生物學(xué)重復(fù),一次RNA-seq需要6個樣本。廣州高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測價格轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個方面。

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué):也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時,復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)有著巨大的應(yīng)用前景。

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?南京轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測價格

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)優(yōu)勢:文庫優(yōu)化:針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法,采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全:全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)數(shù)據(jù),可對這些數(shù)據(jù)進行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全:通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析,深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型:細(xì)胞,組織,體液、血清、血漿、全血,總RNA等。建議總RNA起始量:>15μg,濃度≥200ng/μL)。南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

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