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轉(zhuǎn)錄組學(xué)含義:轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過(guò)程是基因表達(dá)的第一步,也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。所謂基因表達(dá),是指基因攜帶的遺傳信息轉(zhuǎn)變?yōu)榭杀鎰e的表型的整個(gè)過(guò)程。與基因組不同的是,轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長(zhǎng)時(shí)期及生長(zhǎng)環(huán)境下,其基因表達(dá)情況是不完全相同的。通常,同一種組織表達(dá)幾乎相同的一套基因以區(qū)別于其他組織,如腦組織或心肌組織等分別只表達(dá)全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定
什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達(dá)譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。廣東全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和。
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì):RNA-seq技術(shù)可以檢測(cè)到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測(cè)動(dòng)態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物,檢測(cè)到等位基因的具體表達(dá)方式,也可以用來(lái)提取基因型信息。在RNA-Seq單細(xì)胞研究中,一個(gè)主要優(yōu)勢(shì)是可以分析整個(gè)轉(zhuǎn)錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結(jié)合使用,產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計(jì)劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學(xué)家也逐漸認(rèn)識(shí)到對(duì)基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來(lái)需要解決的問(wèn)題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過(guò)程、表達(dá)調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時(shí)空條件下的表達(dá)差異等。這些問(wèn)題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來(lái)解決,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對(duì)基因及其轉(zhuǎn)錄表達(dá)產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),將為疾病控制和新藥開(kāi)發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問(wèn)題、食物問(wèn)題、能源問(wèn)題和環(huán)境問(wèn)題提供新方法。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法:SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù),就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基,而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基,這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處,而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶,這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn),就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯,會(huì)在新合成的cDNA的3’末端,多加出幾個(gè)C堿基來(lái)。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程。外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用
轉(zhuǎn)錄組,指細(xì)胞某一時(shí)期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定
RNA-Seq,是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法:首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集,然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝,從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本,進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析,則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化,針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路(Pathway)的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定