單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計的研究設(shè)計而變得復(fù)雜，這些設(shè)計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設(shè)計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個重復(fù)為例，加上對照的三個生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個樣本。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更高的檢測通量。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉(zhuǎn)錄組測序等。2.根據(jù)物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉(zhuǎn)錄組測序，原核轉(zhuǎn)錄組測序，全長轉(zhuǎn)錄組測序等。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序具有以下優(yōu)勢：（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，無需預(yù)先設(shè)計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達(dá)的第一步，也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。

全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機(jī)測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達(dá)幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點突變及多態(tài)性檢測。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)