轉錄組學技術路線及研究意義：轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更準確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具?；诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術能夠全方面獲得物種特定組織的轉錄本信息，從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉錄本結構變異研究等。轉錄組學可以在單核苷酸水平對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。全長轉錄學組分析

RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢：RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡的構建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉錄物，檢測到等位基因的具體表達方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中，一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結合使用，產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。上海RNA轉錄組學轉錄組學可應用于疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復發(fā)診斷。

轉錄組測序推薦的測序數(shù)據(jù)量？轉錄組測序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關，基因組越大，則所需數(shù)據(jù)量越大。按照我們的經(jīng)驗來說：常規(guī)物種一般建議6G數(shù)據(jù)即可；基因組較大的物種推薦8G以上數(shù)據(jù)，比如：小麥建議10G數(shù)據(jù)起，甘蔗、甘薯建議至少8G數(shù)據(jù)。轉錄組測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3 次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。

轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉錄組學和蛋白質(zhì)組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉錄組學測序樣品純度要求，電泳檢測28S:18S至少大于1.8。

轉錄組學測序流程：1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。狹義上轉錄組學的指所有mRNA的組合。全長轉錄學組分析

轉錄組學廣義上指在某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉錄組產(chǎn)物的組合。全長轉錄學組分析

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數(shù)量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。全長轉錄學組分析