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河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-04-28

轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標(biāo),差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標(biāo)基因?對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象;根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù): Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成,一鏈合成引入核苷酸類似物,用于酶切打斷,二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭,接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物,用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫(kù)后,設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫(kù)結(jié)合,一輪退火延伸,rRNA文庫(kù)形成雙鏈結(jié)構(gòu)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān),基因組越大,則所需數(shù)據(jù)量越大。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分,是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計(jì)劃HGP(HumanGenomeProject)的完成,科學(xué)家也逐漸認(rèn)識(shí)到對(duì)基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分,并不能揭示所有的生命奧秘,所以接下來需要解決的問題是:研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達(dá)調(diào)控方式,以及這些基因在不同的時(shí)空條件下的表達(dá)差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決,而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對(duì)基因及其轉(zhuǎn)錄表達(dá)產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué),將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路,為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。武漢宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組定性分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序樣品純度要求,電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì):RNA-seq技術(shù)可以檢測(cè)到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測(cè)動(dòng)態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物,檢測(cè)到等位基因的具體表達(dá)方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細(xì)胞研究中,一個(gè)主要優(yōu)勢(shì)是可以分析整個(gè)轉(zhuǎn)錄序列,而不是有限制數(shù)量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結(jié)合使用,產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。

轉(zhuǎn)錄組學(xué):隨著越來越多的基因組序列相繼被測(cè)定,生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因?yàn)檠芯繉?duì)象的基因組學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對(duì)象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義:1.轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達(dá)的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制.2.通過基于基因表達(dá)譜的分子標(biāo)簽,不只可以辨別細(xì)胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個(gè)例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個(gè)亞型,尤其是對(duì)原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)譜的建立,可以詳細(xì)描繪出患者的生存期以及對(duì)藥物的反應(yīng)等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?

轉(zhuǎn)錄組學(xué),基因組學(xué),蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別:蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,在通過質(zhì)量反推蛋白序列,之后進(jìn)行搜索,標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和,可以用芯片,也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針,測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?;蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA,使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步,隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。武漢外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析價(jià)格

轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用:RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析(質(zhì)控,mapping,差異基因表達(dá)分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,不同物種:研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn):基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?;蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異,疾病相關(guān),處理相關(guān)的基因表達(dá)模式,用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等?;蚓W(wǎng)絡(luò)和通路:基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能,基因間的相互作用。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)