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湖北定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-05-11

蛋白質(zhì)組研究:蛋白質(zhì)組研究是指系統(tǒng)研究在某一特定時(shí)間、特定條件下,某一種特定組織中的所有蛋白質(zhì)。對(duì)蛋白質(zhì)的研究也不只是局限于蛋白質(zhì)的氨基酸序列,而是包括了蛋白質(zhì)的表達(dá)量,蛋白質(zhì)活性,被修飾的狀況以及和其他蛋白質(zhì)或分子的相互作用情況、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)。這些信息對(duì)于全方面了解復(fù)雜的生物系統(tǒng)有著重要的意義。因此,蛋白質(zhì)組學(xué)研究目標(biāo)是大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究蛋白質(zhì)的特性,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。蛋白質(zhì)組學(xué)將成為尋找疾病分子標(biāo)記和藥物靶標(biāo)比較有效的方法之一。湖北定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學(xué)分析?目前一般文獻(xiàn)中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質(zhì)功能分析(GO分類為主)、蛋白質(zhì)所屬代謝通路富集分析(基于KEGG的pathway)、差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測等方面。其它一些比較特異的高級(jí)分析包括多組數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預(yù)測分析、互作網(wǎng)絡(luò)及生物調(diào)控模型構(gòu)建分析。定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記(label)和非標(biāo)記(labelfree)定量策略,標(biāo)記策略又分為體內(nèi)標(biāo)記和體外標(biāo)記兩種。細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)組豐度的動(dòng)態(tài)變化對(duì)各種生命過程有重要影響。例如在許多疾病的發(fā)生和發(fā)展進(jìn)程中,常常伴隨著某些蛋白質(zhì)的表達(dá)異常。定量蛋白質(zhì)組學(xué)就是把一個(gè)基因組表達(dá)的全部蛋白質(zhì)或一個(gè)復(fù)雜的混合體系中所有的蛋白質(zhì)進(jìn)行精確的定量和鑒定。北京TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用呢?

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)成為現(xiàn)代的生物技術(shù)快速發(fā)展的重要支撐,并將帶領(lǐng)生物技術(shù)取得關(guān)鍵性的突破。為幫助生命科學(xué)領(lǐng)域的工作者全方面掌握蛋白質(zhì)組學(xué)的技術(shù)與方法、實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)與關(guān)鍵點(diǎn)、研究前沿與熱點(diǎn),包括雙向凝膠電泳、等電聚焦、生物質(zhì)譜分析及非凝膠技術(shù)。雙向凝膠電泳:雙向凝膠電泳的原理是第1向基于蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)不同用等電聚焦分離,第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離,把復(fù)雜蛋白混合物中的蛋白質(zhì)在二維平面上分開。由于雙向電泳技術(shù)在蛋白質(zhì)組與醫(yī)學(xué)研究中所處的重要位置,它可用于蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后修飾研究,蛋白質(zhì)組的比較和蛋白質(zhì)間的相互作用,細(xì)胞分化凋亡研究,致病機(jī)制及耐藥機(jī)制的研究,療效監(jiān)測,新藥開發(fā),病癥研究,蛋白純度檢查,小量蛋白純化,新替代疫苗的研制等許多方面。近年來經(jīng)過多方面改進(jìn)已成為研究蛋白質(zhì)組的比較有使用價(jià)值的關(guān)鍵方法。

定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):定量蛋白質(zhì)組學(xué)是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容,通過對(duì)基因表達(dá)產(chǎn)物——蛋白質(zhì)的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達(dá)情況。近年來,隨著非凝膠技術(shù)的發(fā)展,蛋白質(zhì)組學(xué)(“Shotgun”proteomics)技術(shù),特別是多維蛋白質(zhì)鑒定(MultidimensionalProteinIdentification,MudPIT)已成為研究復(fù)雜生物樣本中大規(guī)模蛋白質(zhì)表達(dá)和定性和定量分析的強(qiáng)有力工具。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)(從分析化學(xué)角度來看),就是對(duì)蛋白質(zhì)的定性定量分析。

iTRAQ/TMT 標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué):iTRAQ 和 TMT 技術(shù)采用多種同位素標(biāo)記,可與氨基反應(yīng)實(shí)現(xiàn)連接,實(shí)現(xiàn)多個(gè)樣本蛋白組的定性與定量。技術(shù)優(yōu)點(diǎn):適用范圍廣、高通量、結(jié)果可靠。靈敏度高,分離能力強(qiáng),自動(dòng)化程度高。 Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué):Label Free 技術(shù)不依賴同位素標(biāo)記,可通過液質(zhì)聯(lián)用對(duì)蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行分析,分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù),對(duì)被檢測到的離子峰強(qiáng)度進(jìn)行積分,以積分面積進(jìn)行相對(duì)定量。蛋白質(zhì)組學(xué),指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。廣東蛋白質(zhì)定量組學(xué)價(jià)錢

蛋白質(zhì)組學(xué)研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。湖北定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):生物質(zhì)譜:生物質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中比較重要的鑒定技術(shù),其基本原理是樣品分子離子化后,根據(jù)不同離子之間的荷質(zhì)比(M/E)的差異來分離并確定分子量。對(duì)于經(jīng)過雙向電泳分離的目標(biāo)蛋白質(zhì)用胰蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的-C端形成的肽鍵)成肽段,對(duì)這些肽段用質(zhì)譜進(jìn)行鑒定與分析。目前常用的質(zhì)譜包括兩種:基質(zhì)輔助激光解吸電離-飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)和電噴霧質(zhì)譜(ESI-MS)。蛋白質(zhì)組的研究不但能為生命活動(dòng)規(guī)律提供物質(zhì)基礎(chǔ),也能為眾多種疾病機(jī)理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。湖北定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程