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湖北動物靶向代謝組學領域

來源: 發(fā)布時間:2022-05-27

代謝組學究竟是一門什么樣的研究方向?首先定義什么是代謝組學。簡單的說就是研究生物體對內外刺激的整體代謝應答規(guī)律。那么為什么代謝組學是基因組,轉錄組,蛋白質組的下游。我們研究它到底有什么意義。中心法則告訴我們了遺傳信息的流向,的執(zhí)行者蛋白質中很多酶參與了體內的代謝過程。基因測序數(shù)量太大,而且基因水平解釋問題往往很吃力。因為基因的調控和生物學事件之間隔了一個很漫長的信號轉導過程。蛋白同理,一是蛋白種類巨大,二是蛋白組學發(fā)展進入瓶頸;發(fā)展代謝組是因為代謝物種類只有不到1w種,建立它的差異分析更加簡單,同時在價格等方面更有推廣的意義。代謝組學技術可應用于疾病早期診斷。湖北動物靶向代謝組學領域

選擇代謝組學作為科研技術手段的優(yōu)勢有哪些?1、代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因、蛋白質和細胞、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。2、小分子的產生和代謝是基因表達的下游產物,生物體液的代謝產物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài)。3、代謝物的種類少,大約在103個數(shù)量級,要遠小于基因和蛋白質的數(shù)據(jù),物質的分子結構要簡單得多,分析起來更簡單明了。4、代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復雜。5、基因和蛋白質表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易。6、代謝產物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術更容易在各個領域中通用,也更容易被人接受。湖北動物靶向代謝組學領域代謝組學是系統(tǒng)生物學的重要組成部分。

代謝組學比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:代謝組學分析數(shù)據(jù)用于統(tǒng)計分析時,數(shù)據(jù)集通常為一個N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個樣本數(shù),每一行表示一個樣品, K表示K個變量,每一列表示一個變量,在代謝組學中變量通常是指代謝物含量。單變量分析方法只分別分析單個變量,不考慮多個變量的相互作用與內在聯(lián)系。具有簡單性、易應用性和可解釋性。但是無法基于整體數(shù)據(jù)對所測樣品的優(yōu)劣、差異進行綜合評價和分析。差異倍數(shù)變化大小(Fold Change,F(xiàn)C)表示實驗組與對照組的含量比值,可以快速考察各個代謝物在不同組別之間的含量變化大小。

GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數(shù),二是質譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結果。然后采用標準品質譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,代謝物才是被100%定性。代謝組學的代謝產物是基因表達的產物。

選擇代謝組學作為科研技術手段的優(yōu)勢有哪些?代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因、蛋白質和細胞、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。小分子的產生和代謝是基因表達的下游產物,生物體液的代謝產物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態(tài)。代謝物的種類少,大約在103個數(shù)量級,要遠小于基因和蛋白質的數(shù)據(jù),物質的分子結構要簡單得多,分析起來更簡單明了。代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數(shù)據(jù)庫那么復雜。基因和蛋白質表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易。代謝產物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術更容易在各個領域中通用,也更容易被人接受。代謝組學是在基因組學和蛋白質組學之后新近發(fā)展起來的一門學科。山東LC-MS/MS非靶向脂質組學研究內容

代謝組學可與生物表型變化建立直接相關性。湖北動物靶向代謝組學領域

代謝組學的研究領域有哪些?1、疾病機制研究。2、疾病診斷與防治。3、新藥篩選和開發(fā)。4、藥物作用機制的研究。5、藥物毒性評價。6、植物的細胞代謝組學研究。7、微生物代謝組學研究。代謝組能夠檢測到的代謝物含量是多少?不同檢測平臺的靈敏度不一樣,靈敏度比較高,可達到fM級。另外,相同含量的不同物質,由于自身化學性質不同,質譜的離子化效率、信號響應強度會差異很大。物質的檢測靈敏度跟自身的化學性質有關,化學性質的影響主要表現(xiàn)在離子化效率和質譜碎裂行為兩方面。因此,相同含量的不同物質,可能一個能檢測出來,另一個檢測不出來。湖北動物靶向代謝組學領域