什么是轉錄組測序？轉錄組廣義上指在某一生理條件下，細胞內所有轉錄組產物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。普通轉錄組測序適用于哪些情況？普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發(fā)現未知轉錄本和稀有轉錄本。四川外泌體轉錄組學應用

單細胞 RNA-seq轉錄組學的工作流程：單細胞 RNA 測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產生可以比對的序列，量化、質量控制 (QC) 過濾和以不同方式標準化，以實現許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。mRNA-seq轉錄組學領域轉錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。

轉錄組學的概念：轉錄組是指特定組織或細胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的匯合，包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA（rRNA、tRNA和其他ncRNAs），高通量測序技術也被稱為下一代測序（NGS）技術，推進了基因組學的研究進展。該項新技術除了研究靜態(tài)基因組，近年來也開始應用于動態(tài)轉錄分析，由此衍生的技術稱為RNA序列分析（RNA-seq）隨著DNA基因芯片技術的快速發(fā)展，開創(chuàng)了這個病癥近十年的高通量轉錄組研究。RNA-Seq技術可以從轉錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關軟件分析，鑒定相關改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經過刷選，進一步挑選出相關靶基因進行實驗研究，有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點。

轉錄組學(transcriptomics)是功能基因組學(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分，是一門在整體水平上研究細胞中所有基因轉錄及轉錄調控規(guī)律的學科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成，科學家也逐漸認識到對基因結構序列的研究只是基因組學研究的一部分，并不能揭示所有的生命奧秘，所以接下來需要解決的問題是：研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調控方式，以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學技術來解決，而轉錄組學技術是功能基因組學研究的重要組成部分。對基因及其轉錄表達產物功能研究的功能基因組學，將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路，為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。轉錄組學測序包括mRNA和非編碼RNA。

宏轉錄組學也稱為環(huán)境轉錄組學，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉錄情況以及轉錄調控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農業(yè)等領域。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。狹義上轉錄組學的指所有mRNA的組合。四川外泌體轉錄組學應用

轉錄學組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。四川外泌體轉錄組學應用

單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產生可以比對的序列，量化、質量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數據的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜，這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現患者共享的轉錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。四川外泌體轉錄組學應用