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江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學研究

來源: 發(fā)布時間:2021-12-22

轉(zhuǎn)錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學測序具有以下優(yōu)勢:(1)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度,同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題;(2)靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對任意物種進行全基因組分析,無需預(yù)先設(shè)計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測范圍廣,高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復(fù)么?江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學研究

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己完成,又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡單,序列比對-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開始接觸高通量測序?qū)W習比較合適的技術(shù)之一。南京IncRNA轉(zhuǎn)錄組學分析方法轉(zhuǎn)錄組學可應(yīng)用于基因點突變及多態(tài)性檢測。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個方面。

轉(zhuǎn)錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達基因;3、不同的外界條件處理,如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對基因表達的影響;4、同一個體,不同組織之間的基因表達差異。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。基于高通量測序平臺的轉(zhuǎn)錄組學測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。

宏轉(zhuǎn)錄學組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點,可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制,探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。轉(zhuǎn)錄組學測序有什么樣的樣品要求?杭州全轉(zhuǎn)錄學組分析

轉(zhuǎn)錄組學無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析。江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學研究

眾所周知,不同多組學服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學,代謝組學采取了不同的轉(zhuǎn)變方式。當前的主流發(fā)展可以大致歸納為:以專業(yè)類為象征的服務(wù)終端,擁有多種穩(wěn)定的信息來源及渠道的支持。新誕生的商務(wù)服務(wù),不僅可實現(xiàn)跨系統(tǒng)、跨協(xié)議的服務(wù)互通,更可以為企業(yè)提供一體化、自動化解決方案 ,減少系統(tǒng)開發(fā)周期,助力企業(yè)數(shù)字化升級飛速落地。作為中國優(yōu)先的數(shù)字化服務(wù)平臺,有限責任公司(自然)企業(yè)積極探索勇于實踐,助力公益扶貧向可持續(xù)的系統(tǒng)性扶貧轉(zhuǎn)變、由建立供應(yīng)鏈向建立生態(tài)圈轉(zhuǎn)變、由消費互聯(lián)網(wǎng)向產(chǎn)業(yè)互聯(lián)網(wǎng)轉(zhuǎn)變。數(shù)字化浪潮席卷而來,數(shù)字經(jīng)濟的多個維度在銷售顯露。根據(jù)數(shù)字經(jīng)濟指標報告顯示,新零售、新商業(yè)、新消費、新賦能的諸多改變,創(chuàng)造了頗多實踐場景,積累了值得借鑒的發(fā)展經(jīng)驗。江蘇高通量轉(zhuǎn)錄組學研究

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