代謝組學(xué)有哪些研究方式?根據(jù)有沒有研究目標(biāo)或方向來確定,在不確定代謝物或者代謝途徑時可使用非靶向代謝組學(xué)尋找切入點,在有目標(biāo)時則使用靶向定量進行深入研究,針對性研究脂質(zhì)的則可以使用脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)。另外比較新的,譜領(lǐng)生物還提供基于穩(wěn)定性同位素示蹤技術(shù)的代謝流組學(xué)技術(shù)服務(wù)來研究代謝流量問題。什么是代謝組學(xué)?代謝組學(xué)是末期發(fā)展起來的一門新興學(xué)科,是研究關(guān)于生物體被擾動后(如基因的改變或環(huán)境變化后)其代謝產(chǎn)物(內(nèi)源性代謝物質(zhì))種類、數(shù)量及其變化規(guī)律的科學(xué)。代謝組學(xué)著重研究的是生物整體、組織的內(nèi)源性代謝物質(zhì)的代謝途徑及其所受內(nèi)在或者外在因素的影響及隨時間變化的規(guī)律。代謝組學(xué)通過揭示內(nèi)在和外在因素影響下,生物體的代謝整體的變化軌跡來反映某種生理或病理的一系列發(fā)展過程。代謝組學(xué)的研究對象與層次有哪些?濟南個性化定制靶向代謝組學(xué)檢測多少錢
代謝組學(xué)在系統(tǒng)生物學(xué)中有什么作用?它的地位如何?代謝物作為生物體表型的基礎(chǔ)能夠幫助我們更直觀有效地了解生命現(xiàn)象揭示生命本質(zhì)。代謝組學(xué)本質(zhì)上是指從整體上研究生物體的代謝物,是對某一生物、組織或細胞中的所有低分子量代謝產(chǎn)物進行定性與定量分析的一門科學(xué)。代謝組學(xué)以指標(biāo)分析為基礎(chǔ),高通量檢測為手段,通過研究生物體內(nèi)代謝物的種類與數(shù)量及其變化規(guī)律來闡述機體在正常生命狀態(tài)及環(huán)境變化后的代謝過程。代謝組是系統(tǒng)生物學(xué)的分支學(xué)科之一。其研究內(nèi)容主要包括對代謝物進行定性或定量分析,不同基因型的生物體進行代謝組學(xué)表型研究,不同生長環(huán)境及加物理、化學(xué)或生物性刺激后個體代謝產(chǎn)物的應(yīng)答,進行代謝途徑或代謝網(wǎng)絡(luò)解析與轉(zhuǎn)基因評價。南京個性化定制靶向代謝組學(xué)方法在食品安全領(lǐng)域,利用代謝組學(xué)工具發(fā)現(xiàn)農(nóng)獸藥等在動植物體內(nèi)的相關(guān)生物標(biāo)志物也是一個熱點領(lǐng)域。
LC-MS非靶向代謝組學(xué):LCMS非靶向是通過液質(zhì)聯(lián)用(LC–MS)方法檢測生物體受擾動或刺激前后大量代謝產(chǎn)物的動態(tài)變化,從中找出表達差異的代謝物,進而闡明生物體代謝相關(guān)過程的代謝組學(xué)技術(shù)。LCMS非靶向代謝組學(xué)適用于分析難揮發(fā)或熱穩(wěn)定性差的代謝產(chǎn)物,具有高通量、高分辨率、高靈敏度的特點。超高壓液相色譜或超高效液相色譜(UPLC)通過采用更小粒徑的色譜填料配合更高的壓力,實現(xiàn)了更好的分離,具體包括更高的分離能力、更快的分離速度以及更好的靈敏度;串聯(lián)質(zhì)譜儀在MS掃描模式下,可實現(xiàn)高低碰撞能量快速切換,同時采集代謝物的一二級質(zhì)譜信息,結(jié)合代謝組學(xué)數(shù)據(jù)處理軟件對質(zhì)譜信息的解析,在單次分析中可檢測和鑒定幾百至幾千種代謝物。
代謝組學(xué)的研究對象與層次有哪些?一般來說,代謝組學(xué)關(guān)注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。根據(jù)研究的對象和目的不同,科學(xué)家將生物體系的代謝產(chǎn)物分析分為4個層次:代謝物靶標(biāo)分析:某一個或幾個特定組分的定性和定量分析,如某一類結(jié)構(gòu)、性質(zhì)相關(guān)的化合物(氨基酸、有機酸、順二醇類)或者某一代謝途徑的所有中間產(chǎn)物或多條代謝途徑的標(biāo)志性組分。代謝物指紋分析:同時對多個代謝物進行分析,不分離鑒定具體單一組分。代謝輪廓分析:限定條件下對生物體內(nèi)特定組織內(nèi)的代謝產(chǎn)物的快速定性和半定量分析。代謝組分析:對生物體或體內(nèi)某一特定組織所包含的所有代謝物的定量分析,并研究該代謝物組在外界干預(yù)或病理生理條件下的動態(tài)變化規(guī)律。代謝組學(xué)的代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。
代謝組學(xué)可以檢測的樣品種類有哪些?代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000)。其樣品主要是血漿或血清,尿液,唾液,以及細胞和組織的提取液。我們也和一些公司或單位(如茶葉公司、制酒公司、酸奶公司、醫(yī)院等)合作,做過植物,微生物提取物,腦脊液,昆蟲血淋巴,羊水,卵泡液,膝蓋滑液,眼淚,胎盤,糞便及腸道內(nèi)容物提取液等。一般代謝組學(xué)能檢測出多少物質(zhì)?同的質(zhì)譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,而且不同平臺之間具有互補性。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準(zhǔn)確定性的物質(zhì)約200個左右,檢測尿液樣品定性的物質(zhì)約200個左右,其他樣品(如肝臟,糞便,腸道內(nèi)容物)也在幾百這個數(shù)量級。如果采用全二維GC/MS,物質(zhì)的數(shù)量要更多,可達1千以上。LC/MS檢測物質(zhì)的數(shù)量要遠比GC/MS多,但能準(zhǔn)確定性和定量的不多,視不同的平臺(TQ、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質(zhì)。代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(分子量<1000)。山東個性化定制靶向代謝組學(xué)方法
代謝組學(xué)主要技術(shù)手段是色譜(HPLC,GC)。濟南個性化定制靶向代謝組學(xué)檢測多少錢
代謝組學(xué)細胞樣本收集:懸浮細胞:1)連同培養(yǎng)基轉(zhuǎn)移到1.5 mL的進口離心管中。2)低速離心5 min(低于3000 rpm),使細胞沉淀于離心管的底部(1*107個細胞為宜)。3)倒掉培養(yǎng)基(盡量倒干凈),用預(yù)冷的PBS反復(fù)沖洗2 ~ 3次,低速離心5 min,棄上清。4)標(biāo)記離心管,將離心管的尖的一端插入液氮中,淬滅細胞沉淀1 min,-80 ℃凍存,干冰寄送。注意事項:1. 培養(yǎng)基傾倒時盡量倒干凈,可使用濾紙將殘留培養(yǎng)液吸凈;2. 甲醇/水請使用色譜純及以上規(guī)格;3. 液氮淬滅細胞時,請小心避免離心管破碎導(dǎo)致樣本受損;4. 建議細胞樣本在進行培養(yǎng)時多準(zhǔn)備樣本,以備后續(xù)使用。濟南個性化定制靶向代謝組學(xué)檢測多少錢
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