GC-MS非靶向與代謝組學(xué)的關(guān)系?代謝組學(xué)是運用多種技術(shù)手段,研究生物體系中小分子代謝物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等)的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學(xué),是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學(xué)是對生物體內(nèi)源性代謝物進(jìn)行系統(tǒng)全方面的分析平臺。氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)技術(shù)因為其較為成熟、分辨率高、靈敏度高、重現(xiàn)性好,擁有大量標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫的特點,被大量地運用在植物、動物、微生物的研究中。隨著信息科學(xué)和分析技術(shù)的發(fā)展,運用GC-MS非靶向代謝組學(xué)研究疾病機(jī)制和發(fā)現(xiàn)藥物靶點的方法日趨成熟,其重要性也日益凸顯。GC-MS非靶向代謝組學(xué)也在代謝性疾病等藥物靶點、疾病機(jī)制研究和藥物靶點發(fā)現(xiàn)中提供重要參考和啟示。代謝組學(xué) (metabolomics)的出現(xiàn)是生命科學(xué)研究的必然。武漢農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)技術(shù)服務(wù)
LC-MS非靶向代謝組學(xué):LCMS非靶向是通過液質(zhì)聯(lián)用(LC–MS)方法檢測生物體受擾動或刺激前后大量代謝產(chǎn)物的動態(tài)變化,從中找出表達(dá)差異的代謝物,進(jìn)而闡明生物體代謝相關(guān)過程的代謝組學(xué)技術(shù)。LCMS非靶向代謝組學(xué)適用于分析難揮發(fā)或熱穩(wěn)定性差的代謝產(chǎn)物,具有高通量、高分辨率、高靈敏度的特點。超高壓液相色譜或超高效液相色譜(UPLC)通過采用更小粒徑的色譜填料配合更高的壓力,實現(xiàn)了更好的分離,具體包括更高的分離能力、更快的分離速度以及更好的靈敏度;串聯(lián)質(zhì)譜儀在MS掃描模式下,可實現(xiàn)高低碰撞能量快速切換,同時采集代謝物的一二級質(zhì)譜信息,結(jié)合代謝組學(xué)數(shù)據(jù)處理軟件對質(zhì)譜信息的解析,在單次分析中可檢測和鑒定幾百至幾千種代謝物。武漢農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)技術(shù)服務(wù)代謝組學(xué)關(guān)注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。
代謝組學(xué)需要多少的生物學(xué)重復(fù)?生物學(xué)重復(fù)指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數(shù)量(如相同劑量給藥后2小時的小鼠采集并且相同儲存條件和處理方法血清樣本)。相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動的下游,收到環(huán)境和遺傳背景等因素影響較大,生物學(xué)重復(fù)少可能會放大組內(nèi)差異對于整體差異的影響,進(jìn)而影響結(jié)果(如準(zhǔn)確和足夠多的找出生物標(biāo)志物)。因此根據(jù)不同的生物類型,需要不同的生物學(xué)重復(fù)來增加數(shù)據(jù)的可靠性和說服力。代謝組學(xué)的研究方法與蛋白質(zhì)組學(xué)的方法類似。
代謝組學(xué)樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據(jù)不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規(guī)的方法和單個樣本量如下:(1) 微生物和細(xì)胞樣本:細(xì)胞迅速猝滅細(xì)胞并冷凍保存;單個樣本細(xì)胞數(shù)量要求10^6。(2) 動物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預(yù)處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉(zhuǎn)入-80℃保存,單個樣本要求質(zhì)量為50mg。代謝組學(xué)與臨床化學(xué)較為相似。
如何獲得高質(zhì)量GC/MS代謝組學(xué)數(shù)據(jù)?實驗設(shè)計先不談,在儀器分析階段,若想獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù),有以下幾個方面需要注意。1)前處理方法的一致性。不同實驗人員操作方式不盡相同。因此,一個項目應(yīng)當(dāng)只由一個人負(fù)責(zé)前處理。推薦使用自動衍生設(shè)備,以減少人為的誤差。2)檢測之前需確保儀器處于比較好工作狀態(tài)。儀器的控制軟件都有系統(tǒng)自檢功能,可以快速便捷地核查質(zhì)譜儀器的狀態(tài)。但更重要的是氣相色譜狀態(tài),推薦使用一組混標(biāo)作為儀器質(zhì)控。在每一個項目開始之前,先進(jìn)行質(zhì)控樣檢測,確認(rèn)氣相色譜的分離度和質(zhì)譜的整體響應(yīng)。3)后期數(shù)據(jù)矯正,特別是對于大樣本項目。我們可以在檢測序列中加入隨行質(zhì)控樣本(每個樣品取少量后混合),在后期數(shù)據(jù)處理時,使用質(zhì)控樣本結(jié)合如LOESS之類的算法對整體數(shù)據(jù)進(jìn)行矯正。代謝組學(xué)的發(fā)展很迅速。哈爾濱靶向代謝組學(xué)定量分析
代謝組學(xué)是繼基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)后出現(xiàn)的新興“組學(xué)”。武漢農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)技術(shù)服務(wù)
代謝組學(xué)究竟是一門什么樣的研究方向?首先定義什么是代謝組學(xué)。簡單的說就是研究生物體對內(nèi)外刺激的整體代謝應(yīng)答規(guī)律。那么為什么代謝組學(xué)是基因組,轉(zhuǎn)錄組,蛋白質(zhì)組的下游。我們研究它到底有什么意義。中心法則告訴我們了遺傳信息的流向,的執(zhí)行者蛋白質(zhì)中很多酶參與了體內(nèi)的代謝過程?;驕y序數(shù)量太大,而且基因水平解釋問題往往很吃力。因為基因的調(diào)控和生物學(xué)事件之間隔了一個很漫長的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程。蛋白同理,一是蛋白種類巨大,二是蛋白組學(xué)發(fā)展進(jìn)入瓶頸;發(fā)展代謝組是因為代謝物種類只有不到1w種,建立它的差異分析更加簡單,同時在價格等方面更有推廣的意義。武漢農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)技術(shù)服務(wù)
上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),是一家服務(wù)型公司。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個細(xì)節(jié),公司旗下多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)深受客戶的喜愛。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點競爭力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識,遵守行業(yè)規(guī)范,植根于商務(wù)服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。拜譜生物立足于全國市場,依托強(qiáng)大的研發(fā)實力,融合前沿的技術(shù)理念,飛快響應(yīng)客戶的變化需求。