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CRISPR/Cas系統(tǒng)是細菌和古細菌在不斷進化的過程中產生的適應性免疫防御機制,它應用CRISPR RNA(crRNA)以堿基互補的形式引導相應的Cas蛋白識別入侵的外源基因組,并對其DNA進行剪切,用以保護自身的基因組免受外源核酸如噬菌體、病毒等的干擾和破壞。經過人為改造后,可在真核細胞中實現(xiàn)高度靈活且特異的基因組編輯,通過設計特異性向導RNA(Single guide RNA, sgRNA)序列與靶序列進行堿基配對,從而引導Cas蛋白結合到靶序列處,行使DNA切割功能,然后利用細胞的非同源性末端連接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重組(Homologous recombination,HR)修復機制對斷裂的DNA進行插入缺失(Indel)、修復(Repair)或替換(Replacement)。由于其相對于鋅指核酸酶(ZFNs)和轉錄jihuo因子樣效應物核酸酶(TALENs)技術更易于操作,而且更高效,因而被廣運用于對基因組特定位點進行靶向編輯。如何檢測是否發(fā)生脫靶? 基因編輯的脫靶率檢測一般有兩種方法。浙江脫靶檢測評估
長期隨訪的觀察時間長期隨訪的持續(xù)時間應確保足以觀察到受試者因產品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導致的風險,應不短于遲發(fā)性不良反應的預期發(fā)生時間。一般而言,針對不同類型的基因zhiliao產品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉錄病毒和慢病毒載體)和轉座子元件建議觀察不短于15年。?可以產生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風險的細菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險。?腺相關病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風險。無錫種子基因脫靶檢測企業(yè)基因編輯治療過程中安全性評價,即脫靶效應的檢測。
目前鼓潤已掌握了該項技術,簡述如下:1、CRISPR與dsODNtag整合的實驗技術及高通量測序建庫流程將靶向于目標基因組位點的CRISPR質粒與dsODNtag以核電轉的方式同時轉染入真核細胞,CRISPR造成基因組雙鏈斷裂后,dsODNtag將整合入斷點處,作為后續(xù)分析在靶與脫靶情況的標記。轉染后3天收集細胞的DNA進行高通量建庫。2、GUIDE-seq生信分析方法1)搭建了高通量測序的數(shù)據(jù)分析流程。2)利用該技術分析了CRISPR靶向編輯某細胞系基因的在靶與脫靶情況。其中一例樣品的分析結果如圖4所示:Sequencesofoff-targetsitesidentifiedbyGUIDE-seq.Theintendedtargetsequenceisshowninthetoplinewithcleavedsitesshownunderneathandwithmismatchestotheon-targetsiteshownandhighlightedincolor.GUIDE-seqsequencingreadcountsareshowntotherightofeachsite.3)利用PCR擴增技術聯(lián)合Sanger測序鑒定了分析出的脫靶位點。
誘導多能干細胞來源的細胞產品。誘導多能干細胞(inducedpluripotentstemcell,iPS)自身具有致瘤性風險,在體內可形成畸胎瘤,整合病毒載體的使用和誘導多能性可能增加iPS細胞插入致突變性和致性的風險。因此,應在shou次臨床試驗前完成致瘤性試驗。若設計科學合理,能夠滿足評價要求,也可在持續(xù)時間足夠長的毒性研究中評估致瘤性風險。體內致瘤性試驗建議采用摻入未分化iPS細胞的細胞產品作為陽性對照,以確認實驗系統(tǒng)的靈敏度。如果iPS細胞設計了機制以降低致瘤風險,應在體內試驗中確認/驗證此類機制的功能 脫靶檢測報告,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結果準確率高。
CRISPR基因編輯zhiliao發(fā)展如火如荼,但也有不少人對基因zhiliao的安全性提出擔憂,由于CRISPR技術是直接改變基因組DNA,其中任何的改變都會被長久保留下來,所以CRISPR對于DNA序列的任何改變都需要嚴謹?shù)陌踩u估。根據(jù)目前已經公開的FDA關于基因zhiliao的指導文件,對于基因zhiliao安全性的評估可以簡單總結為兩個方面:由于目前大部分CRISPR基因編輯zhiliao方案是基于CRISPR引起的DNA雙鏈斷裂和隨機突變進行基因敲除,所以一類風險主要是指靶位點的隨機突變引發(fā)的安全風險,如果出現(xiàn)大片段丟失、染色體重排等異常變化,都存在巨大的安全隱患。脫靶檢測技術,推薦唯可生物,實驗實力強,專業(yè)性高,檢測效率高,結果準確率高。溫州crispr/cas9脫靶檢測評估
可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達,即產生非靶基因的沉默效應。浙江脫靶檢測評估
檢測方法的敏感度、特異性和可重復性應經過驗證,并設計適當?shù)年栃院完幮詫φ?;當體內靶細胞或替代細胞中載體序列陽性的比例超出預期范圍時,應開展克隆性生長的評估。如果存在優(yōu)勢克隆或單克隆生長,應在不超過3個月的時間內再次檢測確認,并盡快開展整合位點的分析。當載體的整合位點確定后,應與人類基因組數(shù)據(jù)庫及基因組的其他數(shù)據(jù)庫等進行比較,確定整合位點的基因功能,評估是否與包括zheng在內的任何疾病有關。如果受試者體內出現(xiàn)載體陽性細胞的克隆性生長,或檢測發(fā)現(xiàn)基因整合位點在基因或相關基因附近,應縮短檢測間隔至不超過3個月并密切監(jiān)測惡性liu征兆,直至檢測不到基因zhiliao載體。浙江脫靶檢測評估
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