數(shù)字PCR(DigitalPCR),數(shù)字PCR的基本原理是將含有核酸分子的反應(yīng)體系分成成千上萬個納升級的微滴,其中每個微滴或不含待檢核酸靶分子,或者含有一個至數(shù)個待檢核酸靶分子,且每個微滴都作為一個單獨的PCR反應(yīng)器。經(jīng)PCR擴增后,采用微滴分析儀逐個對每個微滴進行檢測,有熒光信號的微滴判讀為1,沒有熒光信號的微滴判讀為0(因此該技術(shù)被稱為“數(shù)字PCR”),較終根據(jù)泊松分布原理以及陽性微滴的比例,分析軟件可計算給出待檢靶分子的濃度或拷貝數(shù)(無需標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制)。用于檢測慢病毒載體拷貝數(shù)的方法及其應(yīng)用。廣州AAV載體拷貝數(shù)政策
流式檢測CAR+T細胞數(shù)量,較,作者用FC流式評估了用axis-cel和tisasa-celzhiliao的患者的CAR+T細胞的數(shù)量。在CAR-T細胞給藥后5個不同時間點冷凍的PBMCs上對UPN#009(軸細胞)和UPN#020(組織細胞)進行了回顧性FC試驗。CAR-T細胞的數(shù)量測定每ul血液。從圖4中可以明顯看出,兩種方法都可以觀察到CAR-T細胞數(shù)量的高度收斂。值得注意的是,所有三種方法(fc、dPCR和qPCR)都檢測到了第35天UPN#009中CAR-T細胞數(shù)量的復(fù)蘇。這些數(shù)據(jù)與我們小組之前觀察到的基于PCR和基于fc的定量的高一致性相一致。無錫病毒載體拷貝數(shù)CRO腺相關(guān)病毒(AAV)載體的生物分析。
人工構(gòu)建的質(zhì)粒載體分類:高拷貝數(shù)的質(zhì)粒載體,ColE1、pMB1派生質(zhì)粒具有高拷貝數(shù)的特點。適合大量增殖克隆基因,或需要大量表達的基因產(chǎn)物。低拷貝數(shù)的質(zhì)粒載體,由pSC101派生來的載體特點是分子量小的拷貝數(shù)。它有特殊的用途:當(dāng)有些被克隆的基因的表達產(chǎn)物過多時會嚴(yán)重影響寄主菌的正常代謝活動,導(dǎo)致寄主菌的死亡時,就需要低拷貝的載體。失控的質(zhì)粒載體,這是一類溫度敏感型復(fù)制控制質(zhì)粒。如pBEU1、pBEU2。插入失活型克隆載體。載體的克隆位點位于其某一個選擇性標(biāo)記基因內(nèi)部。如pDF41、pDF42。正選擇的質(zhì)粒載體,直接選擇轉(zhuǎn)化后的細胞。只有帶有選擇標(biāo)記基因的轉(zhuǎn)化菌細胞才能在選擇培養(yǎng)基上生長。
Southern blot 是一種常用的 DNA 定量的分子生物學(xué)方法。其原理是將待測的 DNA 樣品固定在固相載體(硝酸纖維膜或尼龍膜)上,與標(biāo)記的核酸探針進行雜交,在與探針有同源序列的固相 DNA 的位置上顯示出雜交信號,通過檢測信號的有無、強弱可以對樣品定性、定量,從而計算出轉(zhuǎn)入的拷貝數(shù)。 Southern 法準(zhǔn)確性高、特異性強,但存在費時費力的缺點。實時熒光定量PCR,其定量的基本原理是在PCR反應(yīng)體系中加入非特異性的熒光染料(如:SYBRGREENI)或特異性的熒光探針(如:Taqman探針)。載體拷貝數(shù)計算公式:copies/ml(拷貝數(shù))=(6.02 x 10(23)次拷貝數(shù)/摩爾) x (濃度) / (MW g/mol)。
質(zhì)粒的不相容性通俗來說,就是一山不能容二虎。但是作為科學(xué)來說,我們需要一個嚴(yán)謹?shù)亩x?!袄猛粡?fù)制系統(tǒng)的兩個質(zhì)粒會在復(fù)制和隨后向自細胞的分配過程中彼此競爭,這樣的質(zhì)粒在細菌培養(yǎng)物中不能和平共處,這種現(xiàn)象稱之為不相容性”。那要怎么才能在一個菌里面使用兩個質(zhì)粒呢?簡單的方法就是使用不同復(fù)制源的且?guī)в胁煌剐曰虻膬蓚€質(zhì)粒。pUCori:復(fù)制起始點,pUC為高拷貝表達質(zhì)粒(120-200個/細胞)。Amp:氨芐抗性,為原核抗性,用于質(zhì)粒抽提時的篩選。U6promoter:U6啟動子,真核啟動子,啟動shRNA的表達。CMV:真核啟動子,啟動ZsGreen1的表達。ZsGreen1:第三代綠色熒光蛋白,亮度比較高的的熒光蛋白。PGK:真核啟動子,啟動Puro的表達。Puro:嘌呤霉素抗性基因,真核抗性,用于質(zhì)粒或病毒進入細胞后的篩選。Amp:氨芐抗性基因,原核抗性,用于質(zhì)粒抽提時的篩選。WPRE:轉(zhuǎn)錄后調(diào)控序列,增加外源片段的表達效率。3’LTR、5LTR:逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組兩端各有一個長末端重復(fù)序列(5—LTR和3—LTR),不編碼蛋白質(zhì),含有啟動子,增強子等調(diào)控元件。用于檢測慢病毒載體拷貝數(shù)的方法及其應(yīng)用與流程。臺州慢病毒載體拷貝數(shù)技術(shù)
唯可生物開發(fā)并驗證了一種基于探針的定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)分析方法,用于慢病毒載體拷貝數(shù)(VCN)定量。廣州AAV載體拷貝數(shù)政策
用低拷貝質(zhì)粒作表達載體有什么好處?因為高拷貝質(zhì)粒穩(wěn)定性低,而且給宿主細胞的壓力大。低拷貝數(shù)的質(zhì)粒DNA在宿主細胞分裂前只能復(fù)制1~2次,而多拷貝數(shù)質(zhì)粒可以在細胞分裂前復(fù)制成10~200拷貝。高拷貝數(shù)的質(zhì)粒稱為松弛型質(zhì)粒(relaxedplasmid),單獨于細菌細胞而自主復(fù)制;低拷貝數(shù)的質(zhì)粒一般是嚴(yán)緊型質(zhì)粒(stringentplasmid),它們的復(fù)制隨細菌染色體的復(fù)制同步進行。一般來說,外源基因的表達量隨拷貝數(shù)的增加而提高,但是當(dāng)拷貝數(shù)很大時,拷貝數(shù)與發(fā)酵目標(biāo)產(chǎn)物產(chǎn)率的這種關(guān)系卻不存在。廣州AAV載體拷貝數(shù)政策
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