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由于設(shè)計(jì)的sgRNA會與非靶點(diǎn)DNA序列錯(cuò)配,引入非預(yù)期的基因突變,即脫靶效應(yīng)(Off-targeteffects)。脫靶效應(yīng)造成了研究中的許多不確定性,這無疑限制了該技術(shù)的應(yīng)用。因此,研究者希望能開發(fā)有效的方法來檢測脫靶效應(yīng)。在目前主流的脫靶效應(yīng)評估方法中,有一種方法為GUIDE-seq,其原理是利用一種短的雙鏈寡聚核苷酸(dsODN)標(biāo)記CRISPR/Cas誘導(dǎo)的脫靶斷裂,然后對標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域進(jìn)行高通量測序,通過生物信息學(xué)分析從而確定脫靶位點(diǎn)。利用該技術(shù)可以在基因組范圍內(nèi)檢測CRISPR脫靶效應(yīng),從而改變了以往先預(yù)測假定脫靶位點(diǎn)再檢測的思路;與其他的評估方法相比,GUIDE-seq更精確、更靈敏。預(yù)算允許的情況下,通過全基因組測序的方法進(jìn)行全基因組序列的分析和比對更精細(xì),如基于NGS的iGUIDE方法。無錫育種脫靶檢測guide-sequence
長期隨訪的觀察時(shí)間長期隨訪的持續(xù)時(shí)間應(yīng)確保足以觀察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導(dǎo)致的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)不短于遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期發(fā)生時(shí)間。一般而言,針對不同類型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體)和轉(zhuǎn)座子元件建議觀察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。?腺相關(guān)病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。嘉興基因療法脫靶檢測報(bào)告定量脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
脫靶來自于這些技術(shù)所攜帶的功能基團(tuán),如堿基編輯的脫氨酶和先導(dǎo)編輯的逆轉(zhuǎn)錄酶,不依賴sgRNA結(jié)合基因組DNA的情況下產(chǎn)生的脫靶。為檢測第二類脫靶現(xiàn)象,研究者需要針對每種技術(shù)設(shè)計(jì)專門的檢測方法。1) R-loop seq在堿基編輯開發(fā)早期,雖然靶位點(diǎn)的編輯效率很高,但研究者也很快發(fā)現(xiàn)脫氨酶會在游離的時(shí)候隨機(jī)修飾暴露的DNA單鏈,導(dǎo)致大量的脫靶位點(diǎn)。為降低這類脫靶現(xiàn)象的發(fā)生,研究者設(shè)計(jì)了R-loop seq,以dSaCas9結(jié)合DNA形成R-loop,暴露出DNA單鏈,為堿基編輯的脫氨酶提供一個(gè)固定的脫靶位點(diǎn),然后以該位點(diǎn)的編輯效率反映堿基編輯脫氨酶的脫靶程度。
GUIDE-Seq脫靶評估技術(shù)的優(yōu)勢分析鼓潤致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測工作,為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標(biāo)準(zhǔn)化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢:實(shí)用性強(qiáng):能反映CRISPR在真核細(xì)胞中進(jìn)行基因編輯的在靶與脫靶情況,以進(jìn)行安全性和有效性評價(jià);檢測通量高:一次能檢測多個(gè)樣本的在靶與脫靶情況,并通過優(yōu)化的標(biāo)簽設(shè)計(jì),降低實(shí)際的測序reads數(shù)量;準(zhǔn)確性高:絕大部分檢測結(jié)果可被驗(yàn)證;靈敏度高:能夠高效檢測出低頻脫靶位點(diǎn),檢測低至0.1%的脫靶突變;實(shí)驗(yàn)難度低:操作過程簡單易行細(xì)胞適應(yīng)性強(qiáng)。內(nèi)基因編輯技術(shù)可能造成的脫靶效應(yīng),建立了一種被命名為GOTI。
gRNA的長度和錯(cuò)配: 17個(gè)核苷酸長度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類細(xì)胞中減少潛在脫靶效應(yīng)的指導(dǎo)方針:1) 應(yīng)避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過3個(gè)錯(cuò)配;2) 在PAM的12 bp內(nèi),應(yīng)避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應(yīng)。gRNA的化學(xué)修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦?;宜狨?dǎo)致位點(diǎn)特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時(shí)保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應(yīng)。crispr/cas9脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。廣州育種脫靶檢測分析
檢測脫靶效應(yīng)比較好的方法:CIRCLE-seq。無錫育種脫靶檢測guide-sequence
長期表達(dá)。與其他產(chǎn)品相比,部分基因zhiliao產(chǎn)品的明顯特征是可以在患者靶細(xì)胞或基因修飾細(xì)胞中持續(xù)存在并編碼表達(dá)作用因子(功能性蛋白或基因表達(dá)調(diào)節(jié)元件),并通過長久或長期改變靶細(xì)胞或組織的功能來達(dá)到zhiliao效果。同時(shí),由于基因zhiliao編碼的作用因子在體內(nèi)的長期暴露或表達(dá)異常,可能產(chǎn)生與其功能相關(guān)的長期安全性風(fēng)險(xiǎn),如細(xì)胞生長失控和惡性liu形成、自身免疫反應(yīng)或其他無法預(yù)測的遲發(fā)性不良反應(yīng)。潛伏再jihuo。部分病毒類基因zhiliao產(chǎn)品可能存在從潛伏期被再jihuo的可能性或者引起機(jī)體中已有病毒ganran的再jihuo,存在ganran相關(guān)的遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)。無錫育種脫靶檢測guide-sequence