全基因組測(cè)序是對(duì)重組細(xì)胞的基因組DNA進(jìn)行深度測(cè)序，技術(shù)成熟簡(jiǎn)單這里不做介紹了，我們分享一下LM-PCR結(jié)合二代測(cè)序的檢測(cè)方法。LM-PCR全稱(chēng)連接介導(dǎo)的PCR。將含有慢病毒插入的基因組進(jìn)行隨機(jī)打斷并連接接頭，然后通過(guò)兩輪PCR富集含有慢病毒LTR-宿主區(qū)域的嵌合序列。此擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行二代測(cè)序即可以分析確定載體在宿主基因組上的整合位點(diǎn)。LM-PCR與高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合后，有了更為豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。比如，識(shí)別整合載體（慢病毒載體，轉(zhuǎn)座子）的整合位點(diǎn)。該技術(shù)廣泛應(yīng)用于基因zhiliao研究基因修飾細(xì)胞的克隆組成，或者通過(guò)研究整合事件評(píng)估新載體系統(tǒng)的生物安全性。慢病毒載體在人角質(zhì)形成細(xì)胞基因組中的整合位點(diǎn)分析。北京AAV整合位點(diǎn)安全性評(píng)價(jià)

免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品的風(fēng)險(xiǎn)水平與多種因素有關(guān)，如細(xì)胞來(lái)源和類(lèi)型、體內(nèi)活性和存活時(shí)間、是否有外源基因表達(dá)、基因表達(dá)使用的載體類(lèi)型以及是否存在基因組整合等。針對(duì)不同風(fēng)險(xiǎn)水平的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，隨訪持續(xù)時(shí)間的建議如下：?對(duì)于沒(méi)有外源基因表達(dá)、且體外操作不改變細(xì)胞存活時(shí)間及分化潛能的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，長(zhǎng)期隨訪的持續(xù)時(shí)間不應(yīng)短于細(xì)胞在體內(nèi)的自然存活時(shí)間，建議對(duì)受試者進(jìn)行1年或以上的隨訪。對(duì)于有外源基因表達(dá)、但不存在基因整合或基因重組風(fēng)險(xiǎn)，或載體的基因整合或重組風(fēng)險(xiǎn)較低的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，建議對(duì)受試者進(jìn)行不少于5年的隨訪。?對(duì)于有外源基因表達(dá)、而且表達(dá)載體存在基因整合或有基因重組風(fēng)險(xiǎn)的免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品，建議對(duì)受試者觀察不少于15年。武漢基因編輯整合位點(diǎn)安全性評(píng)價(jià)整合位點(diǎn)和復(fù)制位點(diǎn)。

免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品的劑量描述，很多免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品的細(xì)胞組成并非均一，往往包含多種類(lèi)型的細(xì)胞，起主要zhiliao作用的可能是其中一種細(xì)胞類(lèi)型，但不良反應(yīng)可能受同一產(chǎn)品中其它類(lèi)型細(xì)胞的影響。在描述免疫細(xì)胞zhiliao產(chǎn)品的劑量時(shí)，需要考慮產(chǎn)品的特定屬性，例如細(xì)胞類(lèi)型和來(lái)源（自體與同種異體來(lái)源等）、轉(zhuǎn)導(dǎo)效率、單個(gè)細(xì)胞的載體平均拷貝數(shù)和細(xì)胞活力、效價(jià)和生物學(xué)活性等。在尚無(wú)法明確不同細(xì)胞亞群對(duì)活性作用或不良反應(yīng)的影響時(shí)，明確終產(chǎn)品中的細(xì)胞亞群和所占比例，并比較不同細(xì)胞亞群對(duì)臨床結(jié)局的影響，可能有助于識(shí)別與產(chǎn)品安全性和有效性較相關(guān)的細(xì)胞亞群。

當(dāng)載體或基因zhiliao產(chǎn)品原有的風(fēng)險(xiǎn)特征增加時(shí)，例如經(jīng)過(guò)修飾以攜帶基因組編輯成分的質(zhì)?；蚋淖兘oyaofang式以提高整合能力等，需要提高對(duì)長(zhǎng)期隨訪觀察的要求；反之，也可以對(duì)目前認(rèn)為存在遲發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的基因zhiliao載體進(jìn)行修飾，以降低這些風(fēng)險(xiǎn)。長(zhǎng)期表達(dá)，與其他產(chǎn)品相比，部分基因zhiliao產(chǎn)品的明顯特征是可以在患者靶細(xì)胞或基因修飾細(xì)胞中持續(xù)存在并編碼表達(dá)作用因子（功能性蛋白或基因表達(dá)調(diào)節(jié)元件），并通過(guò)長(zhǎng)久或長(zhǎng)期改變靶細(xì)胞或組織的功能來(lái)達(dá)到zhiliao效果。同時(shí)，由于基因zhiliao編碼的作用因子在體內(nèi)的長(zhǎng)期暴露或表達(dá)異常，可能產(chǎn)生與其功能相關(guān)的長(zhǎng)期安全性風(fēng)險(xiǎn)，如細(xì)胞生長(zhǎng)失控和惡性liu形成、自身免疫反應(yīng)或其他無(wú)法預(yù)測(cè)的遲發(fā)性不良反應(yīng)。從細(xì)胞游離DNA中檢測(cè)載體整合位點(diǎn)。

相較于LM-PCR方法，重組細(xì)胞全基因組重測(cè)序需要較大數(shù)據(jù)量，比較適合用于經(jīng)過(guò)表型篩選的單克隆細(xì)胞的測(cè)序，比如用于抗體藥物生產(chǎn)重組CHO細(xì)胞的位點(diǎn)檢測(cè)，但全基因組測(cè)序可對(duì)宿主基因組自身的變異進(jìn)行檢測(cè)。應(yīng)用場(chǎng)景：CAR-T細(xì)胞安全性檢測(cè)（藥物申報(bào)）；基因zhiliao研究中使用的病毒性載體的安全性檢測(cè)等；1.LM-PCR不適合評(píng)估每個(gè)整合位點(diǎn)插入序列發(fā)生的變異，不適用于插入序列的拷貝數(shù)檢測(cè)，拷貝數(shù)檢測(cè)可以采用qPCR方法進(jìn)行。2.INZR-WGS（WGS法）傳統(tǒng)PCR技術(shù)分析整合位點(diǎn)依賴(lài)限制性?xún)?nèi)切酶酶切,存在一定偏好性；南通慢病毒載體整合位點(diǎn)分析

在靶向CD19的CAR-T臨床試驗(yàn)中,慢病毒傳染的CAR-T整合位點(diǎn)顯示出更的抗效力。北京AAV整合位點(diǎn)安全性評(píng)價(jià)

慢病毒是逆轉(zhuǎn)錄病毒的一類(lèi)，慢病毒整合到宿主細(xì)胞的染色體上可以長(zhǎng)期穩(wěn)定表達(dá)，并且與其他逆轉(zhuǎn)錄病毒（例如腺病毒）相比，慢病毒不但能ganran分裂期細(xì)胞，而且還能ganran非分裂期的細(xì)胞?；谝陨蟽?yōu)點(diǎn)，慢病毒載體（lentiviral vector）作為外源基因轉(zhuǎn)移載體已廣用于臨床前基因研究及臨床基因zhiliao。然而目前尚不能實(shí)現(xiàn)利用慢病毒載體將目的基因插入到特定位點(diǎn)，因此存在插入性突變致的風(fēng)險(xiǎn)。腺相關(guān)病毒（adeno-associated virus，AAV）是目前發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)結(jié)構(gòu)較簡(jiǎn)單的單鏈DNA缺陷型病毒。而重組腺相關(guān)病毒載體(rAAV) 源于非致病的野生型腺相關(guān)病毒，具有安全性好、宿主細(xì)胞范圍廣和在體內(nèi)表達(dá)時(shí)間長(zhǎng)等特點(diǎn)，目前的科學(xué)界共識(shí)是AAV不會(huì)導(dǎo)致任何人類(lèi)疾病，因此成為目前較有前景的基因zhiliao載體。然而，近年來(lái)不斷有研究表明AVV可將外源基因片段插入到染色體上。北京AAV整合位點(diǎn)安全性評(píng)價(jià)