基因重排或重組。當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品所用載體及其攜帶的基因發(fā)生復(fù)制時(shí),可能出現(xiàn)非zhiliao目的非預(yù)期的基因表達(dá)或改變,或者與相應(yīng)野生型或輔助病毒互補(bǔ)后產(chǎn)生回復(fù)突變或意外復(fù)制或形成6新的病毒。免疫原性。由于基因zhiliao產(chǎn)品在體內(nèi)的持續(xù)暴露或者需要多次給藥等情況,機(jī)體可能產(chǎn)生針對基因zhiliao載體或編碼的作用因子的免疫應(yīng)答。由于基因zhiliao產(chǎn)品在靶細(xì)胞或組織中的表達(dá)時(shí)間、分布范圍或表達(dá)強(qiáng)度等差異,機(jī)體免疫應(yīng)答的后果可能從不具有臨床意義的一過性的免疫反應(yīng),到針對靶細(xì)胞或組織的免疫攻擊,甚至產(chǎn)生嚴(yán)重危及生命的不良事件。種子基因脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。南京脫靶檢測報(bào)告
圍繞大家關(guān)心的CRISPR基因編輯安全性問題,我們首先對CRISPR脫靶位點(diǎn)檢測技術(shù)進(jìn)行一次大盤點(diǎn),在sgRNA設(shè)計(jì)階段需要如何做才能夠盡可能地避免脫靶現(xiàn)象的發(fā)生。較簡單的脫靶位點(diǎn)檢測方法是全基因組測序(WGS),但在實(shí)際使用中,即使測序深度達(dá)到100X,也很難發(fā)現(xiàn)一些低頻率的脫靶位點(diǎn),同時(shí)測序成本卻非常高。為彌補(bǔ)WGS的這些缺陷,常見的脫靶位點(diǎn)檢測技術(shù)都需要對脫靶位點(diǎn)進(jìn)行捕獲富集,來提高檢測靈敏度,降低測序成本。按照實(shí)驗(yàn)原理的不同,脫靶位點(diǎn)檢測技術(shù)可以分為細(xì)胞外、細(xì)胞內(nèi)和其他特殊方法這3類。江蘇crispr脫靶檢測安全性評價(jià)內(nèi)基因編輯技術(shù)可能造成的脫靶效應(yīng),建立了一種被命名為GOTI。
細(xì)胞外檢測方法:細(xì)胞外檢測方法較為直接,將基因組提純后進(jìn)行CRISPR體外切割實(shí)驗(yàn),再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點(diǎn)即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細(xì)胞外脫靶位點(diǎn)檢測方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據(jù),之后需要較為復(fù)雜的生物信息學(xué)分析才能夠獲得CRISPR切割位點(diǎn)的信息??傮w來講,這種方法測序成本較高,并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點(diǎn),一般需要在建庫時(shí)定向捕獲CRISPR切割位點(diǎn)。SITE-seq就是這樣一種測序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過Cas9/sgRNA切割后,在切割位點(diǎn)末端連接帶Biotin的接頭;再隨機(jī)打斷基因組,在另一端連接第二個(gè)接頭;經(jīng)過鏈霉親和素磁珠純化,只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序,實(shí)現(xiàn)了CRISPR切割位點(diǎn)的富集。該方法雖然提高了脫靶位點(diǎn)的檢測靈敏度,但有著較高的實(shí)驗(yàn)要求,每次需要投入大量的基因組DNA,并且無法區(qū)分提純基因組DNA時(shí)發(fā)生的隨機(jī)斷裂和Cas9的切割,導(dǎo)致產(chǎn)出較為明顯的背景信號。同時(shí),由于一輪Biotin接頭只會(huì)接在Cas9切割位點(diǎn)的一側(cè),導(dǎo)致測序結(jié)果里只能看到脫靶位點(diǎn)一側(cè)的序列。
長期隨訪的觀察時(shí)間長期隨訪的持續(xù)時(shí)間應(yīng)確保足以觀察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導(dǎo)致的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)不短于遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期發(fā)生時(shí)間。一般而言,針對不同類型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體)和轉(zhuǎn)座子元件建議觀察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。?腺相關(guān)病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測guide-sequence,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
BLESS:利用生物素標(biāo)簽對DSBs進(jìn)行原位標(biāo)記,后經(jīng)PCR擴(kuò)增實(shí)現(xiàn)對于生物素標(biāo)記片段的富集,并通過二代測序?qū)崿F(xiàn)脫靶位點(diǎn)檢測。直接檢測細(xì)胞中的切割位點(diǎn),靈敏度與細(xì)胞、組織密切相關(guān)。LAM-HTGTS,片段化的gDNA經(jīng)過LAM-PCR引入接頭,然后進(jìn)行全基因組易位測序。高通量的全基因組范圍檢測,可準(zhǔn)確檢測DSBs引發(fā)的重排。GUIDE-Seq,將dsODN s標(biāo)簽整合到DSBs位點(diǎn),通過二代測序檢測這些標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域,從而確定脫靶突變的位置。廣使用的細(xì)胞內(nèi)檢測方法。能檢測低頻脫靶突變。Digenome-Seq,片段化的gDNA與CRISPR/RNP混合孵育,進(jìn)行全基因組測序檢測脫靶。全基因組測序,直接檢測切割位點(diǎn),能檢測低頻脫靶突變。高深度全基因組重測序服務(wù),該方法能多方位精細(xì)地對基因編輯的細(xì)胞或個(gè)體進(jìn)行off-target檢測。蘇州種子脫靶檢測實(shí)驗(yàn)室
高精度脫靶檢測,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。南京脫靶檢測報(bào)告
插入突變風(fēng)險(xiǎn)評估一些整合性載體(如逆轉(zhuǎn)錄病毒、慢病毒、轉(zhuǎn)座子)可將外源基因插入整合到細(xì)胞基因組中,這可能會(huì)導(dǎo)致關(guān)鍵基因突變或jihuo原基因,從而導(dǎo)致惡性liu風(fēng)險(xiǎn)增加。影響插入突變的關(guān)鍵風(fēng)險(xiǎn)因素包括:(1)載體的整合特征,如插入位點(diǎn)的偏好性;(2)載體的設(shè)計(jì),如增強(qiáng)子、啟動(dòng)子等構(gòu)建元件的活性,影響鄰近基因的潛力;產(chǎn)生剪接突變體的潛在剪接位點(diǎn)或多聚腺苷酸信號等;(3)細(xì)胞載體拷貝數(shù);4)轉(zhuǎn)基因表達(dá)產(chǎn)物的功能活性(如與細(xì)胞生長調(diào)控相關(guān))和表達(dá)水平;5)靶細(xì)胞群的轉(zhuǎn)化可能性,這可能與細(xì)胞的分化狀態(tài)、增殖潛力、體外培養(yǎng)條件和體內(nèi)植入環(huán)境等有關(guān)。南京脫靶檢測報(bào)告