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改進(jìn)Cas變體使用SpCas9和SaCas9 變體:已研發(fā)出諸如SpCas9-Nickase、dCas9 、dCas9–FokI、xCas9、Cas9-NG、evoCas9、SpCas9 – HFI、eSpCas9和Hypa-Cas9等多種Cas變體,可降低脫靶效應(yīng)。改進(jìn)的Cas9同源物具有更廣的PAM功能和特異性:實(shí)驗(yàn)表明Cpf1、CRISPR-Cpf1-RNP可降低脫靶效應(yīng)。CRISPR 遞送方法:基于病毒的遞送方法:腺病毒 (AdV) 顯示出整合到靶細(xì)胞基因組中的微弱潛力,這一特征有利于限制脫靶效應(yīng)。然而,AdVs 會(huì)引發(fā)免疫反應(yīng),目前還不能完全排除它與宿主基因組整合的可能性。非病毒遞送方法:當(dāng)sgRNA和Cas9以RNP復(fù)合物形式傳遞時(shí),電穿孔顯示植物原生質(zhì)體中的脫靶突變數(shù)量很低。通過(guò)脂質(zhì)體介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染傳遞RNP復(fù)合物顯示,與質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)染相比,脫靶突變的發(fā)生率較小。脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。寧波基因編輯技術(shù)脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)
細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等?;诨蛐揎椉?xì)胞的產(chǎn)品種類繁多、各有特點(diǎn),除上述一般技術(shù)要求外,還應(yīng)基于產(chǎn)品的性進(jìn)行相應(yīng)的特殊考慮。本指導(dǎo)原則列舉了以下三種情形的特殊考慮。南京種子脫靶檢測(cè)基因編輯脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。
CRISPR基因編輯zhiliao發(fā)展如火如荼,但也有不少人對(duì)基因zhiliao的安全性提出擔(dān)憂,由于CRISPR技術(shù)是直接改變基因組DNA,其中任何的改變都會(huì)被長(zhǎng)久保留下來(lái),所以CRISPR對(duì)于DNA序列的任何改變都需要嚴(yán)謹(jǐn)?shù)陌踩u(píng)估。根據(jù)目前已經(jīng)公開(kāi)的FDA關(guān)于基因zhiliao的指導(dǎo)文件,對(duì)于基因zhiliao安全性的評(píng)估可以簡(jiǎn)單總結(jié)為兩個(gè)方面:由于目前大部分CRISPR基因編輯zhiliao方案是基于CRISPR引起的DNA雙鏈斷裂和隨機(jī)突變進(jìn)行基因敲除,所以一類風(fēng)險(xiǎn)主要是指靶位點(diǎn)的隨機(jī)突變引發(fā)的安全風(fēng)險(xiǎn),如果出現(xiàn)大片段丟失、染色體重排等異常變化,都存在巨大的安全隱患。
長(zhǎng)期隨訪的觀察時(shí)間長(zhǎng)期隨訪的持續(xù)時(shí)間應(yīng)確保足以觀察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導(dǎo)致的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)不短于遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期發(fā)生時(shí)間。一般而言,針對(duì)不同類型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體)和轉(zhuǎn)座子元件建議觀察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。?腺相關(guān)病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。內(nèi)基因編輯技術(shù)可能造成的脫靶效應(yīng),建立了一種被命名為GOTI。
目前鼓潤(rùn)已掌握了該項(xiàng)技術(shù),簡(jiǎn)述如下:1、CRISPR與dsODNtag整合的實(shí)驗(yàn)技術(shù)及高通量測(cè)序建庫(kù)流程將靶向于目標(biāo)基因組位點(diǎn)的CRISPR質(zhì)粒與dsODNtag以核電轉(zhuǎn)的方式同時(shí)轉(zhuǎn)染入真核細(xì)胞,CRISPR造成基因組雙鏈斷裂后,dsODNtag將整合入斷點(diǎn)處,作為后續(xù)分析在靶與脫靶情況的標(biāo)記。轉(zhuǎn)染后3天收集細(xì)胞的DNA進(jìn)行高通量建庫(kù)。2、GUIDE-seq生信分析方法1)搭建了高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)分析流程。2)利用該技術(shù)分析了CRISPR靶向編輯某細(xì)胞系基因的在靶與脫靶情況。其中一例樣品的分析結(jié)果如圖4所示:Sequencesofoff-targetsitesidentifiedbyGUIDE-seq.Theintendedtargetsequenceisshowninthetoplinewithcleavedsitesshownunderneathandwithmismatchestotheon-targetsiteshownandhighlightedincolor.GUIDE-seqsequencingreadcountsareshowntotherightofeachsite.3)利用PCR擴(kuò)增技術(shù)聯(lián)合Sanger測(cè)序鑒定了分析出的脫靶位點(diǎn)。脫靶檢測(cè)在揭示CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶機(jī)制以及進(jìn)一步提高系統(tǒng)靶向性的研究中具有重要作用。南京種子脫靶檢測(cè)
脫靶(off-target)效應(yīng)是指MicroRNA Agomir/Antagomir可以與特異性互補(bǔ)的核苷酸序列結(jié)合。寧波基因編輯技術(shù)脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)
CRISPR/Cas系統(tǒng)是細(xì)菌和古細(xì)菌在不斷進(jìn)化的過(guò)程中產(chǎn)生的適應(yīng)性免疫防御機(jī)制,它應(yīng)用CRISPR RNA(crRNA)以堿基互補(bǔ)的形式引導(dǎo)相應(yīng)的Cas蛋白識(shí)別入侵的外源基因組,并對(duì)其DNA進(jìn)行剪切,用以保護(hù)自身的基因組免受外源核酸如噬菌體、病毒等的干擾和破壞。經(jīng)過(guò)人為改造后,可在真核細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)高度靈活且特異的基因組編輯,通過(guò)設(shè)計(jì)特異性向?qū)NA(Single guide RNA, sgRNA)序列與靶序列進(jìn)行堿基配對(duì),從而引導(dǎo)Cas蛋白結(jié)合到靶序列處,行使DNA切割功能,然后利用細(xì)胞的非同源性末端連接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重組(Homologous recombination,HR)修復(fù)機(jī)制對(duì)斷裂的DNA進(jìn)行插入缺失(Indel)、修復(fù)(Repair)或替換(Replacement)。由于其相對(duì)于鋅指核酸酶(ZFNs)和轉(zhuǎn)錄jihuo因子樣效應(yīng)物核酸酶(TALENs)技術(shù)更易于操作,而且更高效,因而被廣運(yùn)用于對(duì)基因組特定位點(diǎn)進(jìn)行靶向編輯。寧波基因編輯技術(shù)脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)