蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月30日復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學(xué)院分子細胞科學(xué)***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物組學(xué)研究方法對262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預(yù)后等提供了寶貴的資源。蛋白組學(xué)—精選文章推薦。江蘇蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)
隨著美國臨床蛋白質(zhì)組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質(zhì)組計劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計劃的推進，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù)，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章，可以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結(jié)果，且蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析有些共同特點，即：1）基于蛋白質(zhì)組進行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領(lǐng)域研究熱點在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預(yù)后標(biāo)志物或潛在的藥靶進行驗證或機制研究該文是樊嘉院士/周虎研究員/高大明研究員/**教授團隊繼2019年Cell發(fā)表的肝細胞*多組學(xué)研究后，同樣基于蛋白質(zhì)組為**的多組學(xué)聯(lián)合分析策略，進一步闡釋了蛋白質(zhì)組學(xué)驅(qū)動精細醫(yī)學(xué)的優(yōu)勢，為**的發(fā)***展機制、分子分型、預(yù)后監(jiān)測和個性化***策略提供新思路。浙江蛋白組學(xué)聚類分析熱圖4D-蛋白組+代謝組雙平臺知識干貨帶您。
通過蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定、PRM靶向鑒定、iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)等研究方法，發(fā)現(xiàn)了N-豆蔻酰化在肝臟**發(fā)生中發(fā)揮重要作用，揭示了NMT1的N-豆蔻酰化抑制抗**發(fā)生的NDP，并通過干擾泛素化來刺激促**發(fā)生的NUP機制。為靶向N-豆蔻?；蚇MT1可能有助于***肝*提供了理論依據(jù)。中文標(biāo)題：NMT1依賴于POTEE發(fā)生N-豆蔻?；⑼ㄟ^差異調(diào)節(jié)靶標(biāo)的泛素化來刺激肝臟**的發(fā)生研究對象：細胞、小鼠、人**組織發(fā)表期刊：FrontiersinOncology影響因子：6.244發(fā)表時間：2021年5月合作單位：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬上海兒童醫(yī)學(xué)中心運用生物技術(shù)：iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、PRM靶向驗證、質(zhì)譜鑒定、qRT-PCR、IHC、WB、IP文章中iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持
iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)研究方法：2021年12月歐易/鹿明生物合作客戶甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)孫萬倉教授課題組在Scientific Reports期刊發(fā)表的題為 “iTRAQ-Based Quantitative Proteome Analysis Insights into Cold Stress of Winter Turnip Rapa (Brassica rapa L.) Grown in the Field ”的研究成果，通過iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，探究了莖尖分生組織的形態(tài)對冬油菜低溫耐受性中的作用。中文標(biāo)題：iTRAQ標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)分析揭示了低溫脅迫對田間生長冬油菜的影響研究對象：白菜型冬油菜發(fā)表期刊：ScientificReports影響因子：4.17蛋白組學(xué)檢測一個樣多少錢。
作者使用通過單細胞蛋白組學(xué)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)來觀察在腎小球細胞或近端腎小管中***豐富的蛋白質(zhì)細胞。208個Glom富集區(qū)蛋白富含囊泡中間運輸和細胞成分組織調(diào)節(jié)作為其**重要的生物學(xué)過程，細胞骨架蛋白結(jié)合和肌動蛋白結(jié)合是**重要的分子功能，肌動蛋白細胞骨架是**豐富的細胞成分。富含247個PT的蛋白質(zhì)主要集中在小分子代謝過程和藥物代謝過程中。在**重要的分子功能中，這些蛋白質(zhì)的氧化還原酶活性和催化活性豐富。*在GLOM切片中發(fā)現(xiàn)的67種蛋白質(zhì)中，有41種已被報導(dǎo)存在于腎臟中，在這41種蛋白質(zhì)中，18種(43.9%)與單細胞蛋白組學(xué)結(jié)果一致，23種(56.1%)在GLOM中與小管相比沒有增加。蛋白質(zhì)組與代謝組聯(lián)合分析。吉林血清蛋白組學(xué)
歐易生物鹿明生物蛋白組學(xué)聯(lián)合分析。江蘇蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運”等生物學(xué)過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān)，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān)，這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。江蘇蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)
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