早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線(xiàn)是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選，開(kāi)發(fā)于二十世紀(jì)八十年代，當(dāng)時(shí) DNA 測(cè)序通量正在增加，動(dòng)物基因組是新開(kāi)放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的，目的是觀(guān)察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加，增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動(dòng)化程度較高，避免了對(duì)轉(zhuǎn)基因品系的依賴(lài)，同時(shí)由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來(lái)越便利，探針設(shè)計(jì)因此也更為方便?？臻g轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。四川運(yùn)用空間轉(zhuǎn)錄組

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎？下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá)，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開(kāi)展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類(lèi)型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。四川運(yùn)用空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。

基于原位測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y(cè)序（ISS）的方法通過(guò)測(cè)序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個(gè)探針與模板匹配，不匹配的探針就會(huì)被洗掉。2013年開(kāi)發(fā)的ISS中，每個(gè)探針使用一個(gè)查詢(xún)堿基來(lái)測(cè)序基因條形碼。FISSEQ和后來(lái)的EXeq使用了SOLiD，每個(gè)探針使用兩個(gè)查詢(xún)堿基來(lái)測(cè)序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測(cè)序，其中還使用了兩個(gè)類(lèi)似固體的查詢(xún)堿基來(lái)避免錯(cuò)誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢(shì)包括：?jiǎn)渭?xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點(diǎn)是：檢測(cè)效率較低。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過(guò)在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來(lái)獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開(kāi)發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過(guò)將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來(lái)捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無(wú)需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開(kāi)發(fā)了出來(lái)，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。浙江生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。四川運(yùn)用空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類(lèi)：用于空間重建的計(jì)算策略和組學(xué)實(shí)驗(yàn)的組合，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進(jìn)行直接測(cè)量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)?？臻g重構(gòu)的計(jì)算策略：這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。基于LCM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問(wèn)題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞?？臻g條形碼加高通量：費(fèi)用較高且無(wú)法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。四川運(yùn)用空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，是一家專(zhuān)業(yè)的檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷(xiāo)售，儀器儀表的銷(xiāo)售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢(xún)。公司。歐易生物是上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司的主營(yíng)品牌，是專(zhuān)業(yè)的檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷(xiāo)售，儀器儀表的銷(xiāo)售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢(xún)。公司，擁有自己**的技術(shù)體系。公司不僅*提供專(zhuān)業(yè)的檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷(xiāo)售，儀器儀表的銷(xiāo)售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢(xún)。，同時(shí)還建立了完善的售后服務(wù)體系，為客戶(hù)提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來(lái)，一直秉承“以質(zhì)量求生存，以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營(yíng)理念，始終堅(jiān)持以客戶(hù)的需求和滿(mǎn)意為重點(diǎn)，為客戶(hù)提供良好的科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢(xún)，從而使公司不斷發(fā)展壯大。