空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術(shù)，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。過真實研究案例聚焦包括單細胞轉(zhuǎn)錄組、單細胞基因組、單細胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

scRNA-seq 技術(shù)的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。重慶空間轉(zhuǎn)錄組使用

HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學(xué)呈現(xiàn)方法。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

美國腦計劃啟動的 BICCN 項目，該項目將整合不同類型細胞的分子、解剖學(xué)和生理學(xué)特性，創(chuàng)建小鼠腦細胞 3D 參考圖譜，同時也將基于人類和非人類靈長類腦組織樣本，繪制腦細胞參考圖譜 ，其涉及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術(shù)原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重要為特殊的載玻片。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)分為科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等，目前不斷進行創(chuàng)新和服務(wù)改進，為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司注重以質(zhì)量為中心，以服務(wù)為理念，秉持誠信為本的理念，打造醫(yī)藥健康良好品牌。歐易生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點競爭力。