空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關(guān)注的組織切片的免疫化學(xué)染色圖像進行整合，從而將組織內(nèi)不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)利用了常規(guī)的原位技術(shù)和組學(xué)技術(shù)兩方面的優(yōu)勢。目前已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人、小鼠、果蠅、秀麗隱桿線蟲、斑馬魚、擬南芥、楊樹和云杉等。在未來的5-10年里，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)妥妥的是技術(shù)熱點。甘肅空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。貴州歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

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