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遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領域

來源: 發(fā)布時間:2021-12-10

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當今前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司(以下簡稱“歐易生物”)主辦的“空間轉(zhuǎn)錄組學培訓班”落下帷幕。培訓中,歐易講師團隊以其豐富的項目經(jīng)驗及專業(yè)的生信能力,從空間轉(zhuǎn)錄組學的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度,向遠道而來的學員們展開了系統(tǒng)性的培訓。


空間轉(zhuǎn)錄組學和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù),區(qū)別在于微陣列載玻片上的組織上的轉(zhuǎn)錄本信息。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領域

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)應用到組織切片和染色的標準方法中,從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關(guān)信息??臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術(shù),涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導致整個項目失敗。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么早期空間轉(zhuǎn)錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。

和單細胞轉(zhuǎn)錄組一樣,空間轉(zhuǎn)錄組也可以進行細胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體(LR)對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),包括基因模式的識別,空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義, 基因間的相互作用推斷,轉(zhuǎn)錄本的亞細胞定位以及基于H&E圖像的基因表達估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么?10X Genomics測試過很多組織類型,絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表,測試過的組織都可以運用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下,看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實驗,同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主,但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法,通過對基因表達矩陣的低維表示進行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比,BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項進行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預處理數(shù)據(jù)作為輸入,無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是,增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤到**中的區(qū)域,這些區(qū)域在原來的分辨率下是無法辨別的??臻g轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。安徽空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

空間轉(zhuǎn)錄組組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學信息。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領域

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經(jīng)過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數(shù)據(jù)進行可視化分析??臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組領域

上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司是一家檢驗檢測服務。(依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動,具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準文件或許可證件為準)一般項目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務,會務服務,企業(yè)管理咨詢。的公司,是一家集研發(fā)、設計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。歐易生物深耕行業(yè)多年,始終以客戶的需求為向?qū)?,為客戶提?**的科研服務,科研檢測,學術(shù)研究,技術(shù)咨詢。歐易生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。歐易生物始終關(guān)注自身,在風云變化的時代,對自身的建設毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使歐易生物在行業(yè)的從容而自信。