單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術(shù)以及死細胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 PCR Bias干擾基因表達? 采用BD單細胞UMI Barcode技術(shù)構(gòu)建PCR無偏文庫,克服擴增偏差,更準確地計算轉(zhuǎn)錄水平。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全線檢測,確保超高的細胞分類精度。烈冰單細胞多組學測序助您深入探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡特征。深圳ATAC測序
空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時間息息相關。貼片質(zhì)量不良會影響總的有效spot數(shù)等;而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而 在特異性基因表達方面,我們也可以統(tǒng)計空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達即Markergene,將他們在組織切片以及空轉(zhuǎn)上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細胞Marker,然后將其在基因表達在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解,群體中的可能的細胞組成關系。 杭州單細胞BCR測序平臺烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。
BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術(shù),轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù)。該技術(shù)用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠大于Input細胞數(shù)量),保證單孔中的單細胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對),保證Input細胞的高效使用。對于Input細胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細胞總量開始進行前期處理以及后期捕獲操作。 而在細胞捕獲完成后,進行細胞裂解后,同樣的也進行細胞中RNA polyA序列的抓取工作。
空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段:1. 數(shù)據(jù)的預處理部分;2. Spot點陣的分群與定義;3. Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結(jié)果都對后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode + UMI + 捕獲區(qū)域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。基因測序相關產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,是下一個改變世界的技術(shù)。
二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq6000測序儀的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務。重慶免疫組庫測序
烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。深圳ATAC測序
冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲、文庫構(gòu)建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進行透化處理,使細胞中的mRNA釋放,并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測序文庫進行上機測序,從而獲取基因表達信息。總體來說,空間轉(zhuǎn)錄組的實驗流程包括:組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序,而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單:組織凍存與OCT包埋。深圳ATAC測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務型類企業(yè),積極探索行業(yè)發(fā)展,努力實現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務,是一家有限責任公司(自然)企業(yè)。公司業(yè)務涵蓋單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序,價格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務的理念,打造高指標的服務,引導行業(yè)的發(fā)展。