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蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

來源: 發(fā)布時間:2022-06-15

基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術(shù),利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì),形成短片段,單細(xì)胞ATAC測序在表觀基因組學(xué)水平上,揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問題,區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性,獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息,是單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)的重要突破:分析每個細(xì)胞數(shù)千個獨(dú)特的染色質(zhì)開放區(qū)域,識別細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài);識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤;探究驅(qū)動細(xì)胞類型和狀態(tài)之間基因表達(dá)差異的非編碼序列;探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等。是當(dāng)前重要的多組學(xué)研究基因表達(dá)和表觀遺傳學(xué)的手段。單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺。蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點(diǎn);3)Primer binding site,用于結(jié)合PCR引物啟動擴(kuò)增反應(yīng)。重慶10X Genomics單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間,單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。

作為單細(xì)胞測序的一個重要里程碑,10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution,此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,并通過對復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。

烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入gene list構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Feature plot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省工作時間并提升整體工作效率。烈冰單細(xì)胞測序,助力您的深入科學(xué)探究。西安10X Chromium X單細(xì)胞測序百萬通量平臺

單細(xì)胞測序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),并通過熒光測定表達(dá)水平。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析。然而,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來自每個細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細(xì)胞的整個轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測定。蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

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