針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當(dāng)存在多個斜率拐點的時候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當(dāng)斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型。北京高通量測序單細胞測序多組學(xué)測序
單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。沈陽單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準(zhǔn)確鑒別稀有細胞類型和適配大規(guī)模單細胞研究。
RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數(shù)據(jù),幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細胞技術(shù)上達到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達模式的細胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。過去的十年,我們是知識的承載者;現(xiàn)在,我們在努力構(gòu)建醫(yī)學(xué)的大數(shù)據(jù)時代;未來我們將重新定義知識形態(tài)!
現(xiàn)有的單細胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內(nèi)容物釋放,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。助力探索生命時空多維度的動態(tài)變化的生物學(xué)信息;助力醫(yī)療健康時代!北京10X Chromium X單細胞測序服務(wù)
十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。北京高通量測序單細胞測序多組學(xué)測序
單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉(zhuǎn)錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過程中具有特殊的應(yīng)用價值。然而,單細胞測序無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性。空間轉(zhuǎn)錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內(nèi)的全部基因表達情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。北京高通量測序單細胞測序多組學(xué)測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進出口業(yè)務(wù),計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】,是一家醫(yī)藥健康的企業(yè),擁有自己**的技術(shù)體系。目前我公司在職員工以90后為主,是一個有活力有能力有創(chuàng)新精神的團隊。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序,堅持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),我們相信誠實正直、開拓進取地為公司發(fā)展做正確的事情,將為公司和個人帶來共同的利益和進步。經(jīng)過幾年的發(fā)展,已成為單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序行業(yè)出名企業(yè)。