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沈陽單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)

來源: 發(fā)布時間:2022-06-17

Fluidigm C1平臺作為應(yīng)用于單細(xì)胞測序(Single Cell RNA Sequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù),基于富魯達(dá)(Fluidigm?)的微流控技術(shù),大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細(xì)胞,進(jìn)行各類的Single-Cell測序建庫。當(dāng)然,通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是,現(xiàn)在很多非RNA類Single Cell測序,仍然在采用這樣的技術(shù),如Single Cell DNA-Seq,Single Cell ATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10X和BD,或者其他企業(yè)推出有效的Single DNA測序技術(shù)之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。烈冰科技成立10余年,為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。沈陽單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)

基于10X Next GEM技術(shù),單細(xì)胞測序一次實(shí)驗(yàn)可以同時檢測近萬個細(xì)胞,可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達(dá)譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時,即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制,可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫測序: 烈冰單細(xì)胞免疫組庫平臺具備:1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),一次實(shí)驗(yàn)可同時獲取1000-20000個細(xì)胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù); 具備完善的免疫組庫測序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),實(shí)現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),搭配單細(xì)胞分析云平臺,一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報(bào)告。濟(jì)南10X Genomics單細(xì)胞測序烈冰引進(jìn)國際主流單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺,保障細(xì)胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息。

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。

10× Genomics官方建議,當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會損失一定的細(xì)胞數(shù)量,10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作?;诹冶嗄陠渭?xì)胞測序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn),建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn),保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。全線搭建10X Genomics Chromium X單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測序平臺。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù),液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細(xì)胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過 40um。當(dāng)細(xì)胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言,準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標(biāo)細(xì)胞,例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過大,不適用于 10X 單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細(xì)胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細(xì)胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn)。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng),過濾掉大細(xì)胞,避免出現(xiàn)管道堵塞、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過濾掉,丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù);另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后,繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核,開展細(xì)胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。個性化制定測序項(xiàng)目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。長沙10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰對于一個細(xì)胞群體中的每個細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測序分析。沈陽單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),因?yàn)檫@可能會影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,形成團(tuán)塊的速度更快。對于這些細(xì)胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。沈陽單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場口碑。公司業(yè)務(wù)分為單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序等,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司注重以質(zhì)量為中心,以服務(wù)為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌。在社會各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗(yàn),為客戶成功提供堅(jiān)實(shí)有力的支持。