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上海高通量測序單細(xì)胞測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-21

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,以及對多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測序技術(shù)作為一個需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對于每一個單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么?烈冰單細(xì)胞測序,助力您的深入科學(xué)探究。上海高通量測序單細(xì)胞測序平臺

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。長沙二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。

10× Genomics官方建議,當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會損失一定的細(xì)胞數(shù)量,10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作。基于烈冰多年單細(xì)胞測序?qū)嶒灲?jīng)驗,建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。

高通量測序技術(shù)(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測序技術(shù)(“Next-generation” sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定和一般讀長較短等為標(biāo)志。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)(next generation sequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的 分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表?;驕y序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用,是下一個改變世界的技術(shù)。

針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時,需要考察實際組織的細(xì)胞組成。烈冰科技成立10余年,為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。南京10X Genomics單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)

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烈冰生信團(tuán)隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入gene list構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Feature plot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省工作時間并提升整體工作效率。上海高通量測序單細(xì)胞測序平臺

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