單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽,需要對細胞數(shù)量、細胞活性進準判斷,這對Single Cell分選標記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細胞計數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,則會提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質(zhì)量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經(jīng)設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。重慶高通量測序單細胞測序平臺
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。上海10X Genomics單細胞測序服務公司單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。
基于10X Next GEM技術,單細胞測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進行聯(lián)合時,即某些研究還需結合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復雜組織樣本的是影響免疫應答分析,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制,可進行單細胞免疫組庫測序: 烈冰單細胞免疫組庫平臺具備:1000+項目經(jīng)驗,一次實驗可同時獲取1000-20000個細胞的文庫構建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù); 具備完善的免疫組庫測序和實驗質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,實現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態(tài)結果報告。
現(xiàn)有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內(nèi)容物釋放,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別?,F(xiàn)有技術的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程;
針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務方案。吉林單細胞測序多組學測序
測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。重慶高通量測序單細胞測序平臺
烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒灪蜕疃鹊纳镄畔?shù)據(jù)分析服務,已逐步發(fā)展為單細胞多組學檢測服務****。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數(shù)千平辦公場所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,60+項自主知識產(chǎn)權,轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務平臺。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學研究、醫(yī)學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發(fā)表,30+篇單細胞技術聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF 10+文章占比>65%。重慶高通量測序單細胞測序平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉(zhuǎn)讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的公司,致力于發(fā)展為創(chuàng)新務實、誠實可信的企業(yè)。烈冰生物作為生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉(zhuǎn)讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的企業(yè)之一,為客戶提供良好的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關鍵領域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。烈冰生物始終關注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價值,是我們前行的力量。