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淄博10X Chromium X單細(xì)胞測序

來源: 發(fā)布時間:2022-06-23

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細(xì)胞測序進(jìn)入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。淄博10X Chromium X單細(xì)胞測序

多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!成都10X Chromium X單細(xì)胞測序烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。

10× Genomics官方建議,當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會損失一定的細(xì)胞數(shù)量,10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作。基于烈冰多年單細(xì)胞測序?qū)嶒灲?jīng)驗,建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具,可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù),幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá),從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細(xì)胞類型,并逐個細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。單細(xì)胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤。

二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結(jié)合PCR引物啟動擴(kuò)增反應(yīng)。十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)領(lǐng)域的佼佼者。淄博10X Chromium X單細(xì)胞測序

烈冰一站式單細(xì)胞測序服務(wù):立足科學(xué)研究,解碼生命本質(zhì)。淄博10X Chromium X單細(xì)胞測序

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。淄博10X Chromium X單細(xì)胞測序

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚。是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),隨著市場的發(fā)展和生產(chǎn)的需求,與多家企業(yè)合作研究,在原有產(chǎn)品的基礎(chǔ)上經(jīng)過不斷改進(jìn),追求新型,在強(qiáng)化內(nèi)部管理,完善結(jié)構(gòu)調(diào)整的同時,良好的質(zhì)量、合理的價格、完善的服務(wù),在業(yè)界受到寬泛好評。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質(zhì)量的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念,打造高指標(biāo)的服務(wù),引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展。