單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定。烈冰生物成立于2010年,專注于單細胞測序領(lǐng)域科研服務(wù)。武漢二代測序單細胞測序百萬通量平臺
機體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構(gòu)建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉(zhuǎn)化和變化進行描述。10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。
針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細胞測序平臺。
對于單細胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。單細胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤。合肥單細胞測序
烈冰引進國際主流單細胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細區(qū)域的空間信息。武漢二代測序單細胞測序百萬通量平臺
單細胞多組學(xué)提升見解 基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強大之處,因為它能夠了解同一單細胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說單細胞基因表達提供了一種顏色的詳細信息,那么單細胞多組學(xué)提供了同一細節(jié)的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進的10x Genomics Chromium單細胞平臺能夠從同一單細胞中讀取細胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實驗,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學(xué)之間的關(guān)系。武漢二代測序單細胞測序百萬通量平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務(wù)型類企業(yè),積極探索行業(yè)發(fā)展,努力實現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質(zhì)量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序。烈冰生物將以真誠的服務(wù)、創(chuàng)新的理念、***的產(chǎn)品,為彼此贏得全新的未來!