單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個共同過程，即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過，每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA，然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫，從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點，并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點，而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析。然而，這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA，確保來自每個細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似，帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫，從而能夠?qū)γ總€細(xì)胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定。烈冰生物成立于2010年，專注于單細(xì)胞測序領(lǐng)域科研服務(wù)。武漢二代測序單細(xì)胞測序百萬通量平臺

機體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時，往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時間并不是真時間，而是一個虛擬的時間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中，也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進行描述。10X Genomics單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。

細(xì)胞中基因的表達是嚴(yán)格按照時間和空間順序發(fā)生，因此細(xì)胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-Seq）在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu)，無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題，其以點陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息，在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，獲得細(xì)胞/基因的空間表達特異性。

針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中：以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細(xì)胞表達的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達數(shù)較高，甚至可以超過1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時，需要考察實際組織的細(xì)胞組成。全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測序平臺。

對于單細(xì)胞測序而言，常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜，在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析，并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類（cell cluster）為討論對象，而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象，因此單細(xì)胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格，但是單細(xì)胞測序，特別是目的為圖譜研究時，需要通過提高樣本復(fù)雜度（增加樣本數(shù)），盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此，單細(xì)胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù)，不同樣本來源的樣本建議單獨進行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測序，以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù)，單個樣本分別捕獲細(xì)胞時，后續(xù)分析除了整體分析以外，還可以做單樣本分析，保證分析的完備準(zhǔn)確性。單細(xì)胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進行譜系和發(fā)育追蹤。合肥單細(xì)胞測序

烈冰引進國際主流單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺，保障細(xì)胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息。武漢二代測序單細(xì)胞測序百萬通量平臺

單細(xì)胞多組學(xué)提升見解 基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強大之處，因為它能夠了解同一單細(xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說單細(xì)胞基因表達提供了一種顏色的詳細(xì)信息，那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜，為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進的10x Genomics Chromium單細(xì)胞平臺能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同，單細(xì)胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實驗，也節(jié)省了您需要分析的樣本，而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本，還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性，因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學(xué)之間的關(guān)系。武漢二代測序單細(xì)胞測序百萬通量平臺

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