細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生，因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序（scRNA-Seq）在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構，無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題，其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息，在保留組織形態(tài)結構的基礎上，獲得細胞/基因的空間表達特異性。單細胞測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣，為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具。武漢二代測序單細胞測序多組學測序

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細胞，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。廈門烈冰單細胞測序十二年測序經(jīng)驗，烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者。

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化，在對細胞進行清洗和計數(shù)后，單細胞懸液應當保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應當在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細胞的不同性質，因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間，以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如，有些細胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時間，它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離，增加了堵塞的風險，而且每個團塊被當成單細胞計數(shù)，又降低了細胞計數(shù)的準確性。此外，有些細胞更加粘稠，形成團塊的速度更快。對于這些細胞，必須盡量減少制備和使用之間的時間差。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術，液體在配套芯片中的微管道中流動，因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um，因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言，準備采用單細胞技術用于課題研究的時候，往往會遇到一個尷尬的問題，就是目標細胞，例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大，不適用于 10X 單細胞技術。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大，直接超過了芯片中管道的直徑，雖然心肌細胞直徑低于 50um，但是成熟心肌細胞的長度很長，有可能堵塞通道造成實驗失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小，不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng)，過濾掉大細胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉，丟失相關細胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后，繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核，開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術為您詳細解答。烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序實驗平臺。

單細胞測序結果動輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求，首先針對下機數(shù)據(jù)的質控環(huán)節(jié)：單細胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結果序列，不可避免的會出現(xiàn)低質量的測序結果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結果的準確性，為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數(shù)據(jù)，制定多套流程；湖州單細胞測序服務公司

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作為單細胞測序的一個重要里程碑，10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution，此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學軟件，能精確對接illumina測序儀，因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記、測序和分析，獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況，并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析，繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。 以量化細胞內(nèi)的群體異質性，并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體，單細胞技術還能更好地了解轉錄動態(tài)和基因調控關系。武漢二代測序單細胞測序多組學測序

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