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廣州10X Chromium X單細胞測序百萬通量平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-07-07

單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如;可視化展示海量結果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。過去的十年,我們是知識的承載者;現(xiàn)在,我們在努力構建醫(yī)學的大數(shù)據(jù)時代;未來我們將重新定義知識形態(tài)!廣州10X Chromium X單細胞測序百萬通量平臺

基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區(qū)分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區(qū)域和染色質狀態(tài)等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質開放區(qū)域,識別細胞類型和細胞狀態(tài);識別重要的轉錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網(wǎng)絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。合肥二代測序單細胞測序ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。

一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。

單細胞多組學提升見解 基于測序的數(shù)據(jù)能夠將彰顯其強大之處,因為它能夠了解同一單細胞的多種生物分析指標。如果說單細胞基因表達提供了一種顏色的詳細信息,那么單細胞多組學提供了同一細節(jié)的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進的10x Genomics Chromium單細胞平臺能夠從同一單細胞中讀取細胞復雜性的多組學特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細胞多組學簡化了您需要開展的實驗,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學準確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學之間的關系。烈冰生物全轉錄組測序通過雙文庫構建,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。

現(xiàn)有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內容物釋放,轉錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別。現(xiàn)有技術的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。南京高通量測序單細胞測序平臺

單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。廣州10X Chromium X單細胞測序百萬通量平臺

在政策促進下,未來3—5年內,我國將在醫(yī)藥健康短缺地區(qū)建設一批高水平臨床醫(yī)治中心、高層次的人才 培養(yǎng)基地和高水平的科研創(chuàng)新與轉化平臺,培育一批品牌優(yōu)勢明顯、跨區(qū)域提供高水平服務的集團。健康科技行業(yè)前景光明。硅谷銀行聯(lián)合浦發(fā)硅谷銀行發(fā)布《健康科技:新興行業(yè)洞察》。該報告根據(jù)各有限責任公司(自然)公司的科技賦能解決方案將其歸類分組為醫(yī)藥機構運營、臨床試驗賦能、醫(yī)藥導航、用藥管理、精神健康與醫(yī)藥教育六大領域,并對美國耗費巨大的醫(yī)藥健康行業(yè)支出相關問題進行分析,由此衡量收入和退出情況。加之生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】“兩票制”壓縮流通渠道層級,減少中間環(huán)節(jié)層層加價;反商業(yè)賄賂、稅務改進等一系列政策的落地,迫使產業(yè)從不規(guī)范、低水平的商業(yè)化向規(guī)范的、高水平成熟的商業(yè)化進化。新增內容體現(xiàn)了我國醫(yī)藥產業(yè)技術升級的方向,有助于引導企業(yè)緊跟國際前沿技術,加快開發(fā)具有國際競爭力的新產品,提高產業(yè)化水平。既是單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序當前發(fā)展的重要方向,也是我國重視中醫(yī)藥傳承與創(chuàng)新發(fā)展的重要體現(xiàn)。廣州10X Chromium X單細胞測序百萬通量平臺

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