樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數(shù)后,單細胞懸液應當保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應當在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質(zhì),因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數(shù),又降低了細胞計數(shù)的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。單細胞測序技術提供了單個細胞水平下的科學研究視角。上海single cell RNA單細胞多組學測序
作為單細胞測序的又一個重要里程碑,BD Rhapsody單細胞捕獲平臺整合了儀器、試劑盒和基礎信息學軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記、測序和分析,獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況,并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析,繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。 以量化細胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體,單細胞技術還能更好地了解轉錄動態(tài)和基因調(diào)控關系。single cell RNA單細胞烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務。
單細胞測序結果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結果的準確性,為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。
烈冰生物單細胞測序服務,為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng),保證每次實驗的可靠性:BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能,可在工作流程的不同階段進行質(zhì)量控制,如細胞捕獲率和細胞多態(tài)率(雙細胞率)。成像儀指標可以確認起始細胞樣本的質(zhì)量,并確認微孔板工作流程中每個步驟的成功完成狀態(tài) ;在細胞裂解前的步驟中評估細胞活性;并對通過測序確定的細胞回收量進行可靠估算。利用這些信息,在進行高成本的下游測序之前,用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實驗中遇到的問題。這些指標允許用戶對不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進行跟蹤。烈冰BD Rahpsody單細胞測序平臺,助力您的深入科學探究。
根據(jù)烈冰多年單細胞測序服務經(jīng)驗,為什么不建議您一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務。珠海BD VDJ單細胞轉錄組測序
附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。上海single cell RNA單細胞多組學測序
烈冰生物BD Rhapsody單細胞分析系統(tǒng),可平行分析成千上萬個單細胞內(nèi)數(shù)千個基因的表達水平,單細胞RNA-seq正在改變我們對細胞的理解。而烈冰作為多平臺的技術服務提供商,基于BD 在生物學領域40年的專業(yè)技術,滿足您的實驗需求,在單細胞水平理解細胞形態(tài)和功能。BD單細胞測序分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測的局限性,如微陣列和大量細胞RNA-seq,這些技術檢測通過實現(xiàn)對各個細胞之間的微妙差異的觀察,依賴于對多個細胞的平行檢測。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細胞類型,其進一步幫助理解從免疫學到疾病發(fā)展的多個領域內(nèi)的生物學過程。上海single cell RNA單細胞多組學測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術團隊,各種專業(yè)設備齊全。NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造是上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司的主營品牌,是專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】公司,擁有自己**的技術體系。公司不僅*提供專業(yè)的生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】,同時還建立了完善的售后服務體系,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務。烈冰生物始終以質(zhì)量為發(fā)展,把顧客的滿意作為公司發(fā)展的動力,致力于為顧客帶來***的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。