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浙江BD單細胞多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-07-24

您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù),因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導致捕獲通道的堵塞進而導致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統(tǒng)無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng)對細胞數(shù)量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數(shù)量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務。浙江BD單細胞多組學測序

由于高通量測序?qū)嶒灧椒ㄏ嚓P(guān)的測序成本,使得單細胞實驗往往非常昂貴,烈冰生物BD Rhapsody單細胞測序服務珍視您的每一份樣本,在平臺搭建前,我們測試評估了BD Rhapsody的性能,與BD官方公布的數(shù)據(jù)結(jié)合來看,將人293T和小鼠NIH/3T3細胞的1:1混合物以不同濃度上樣到BD Rhapsody卡式芯片上。存儲的cDNA分子普遍擴增并進行低通量測序(每個細胞月8700個讀數(shù))。在測序數(shù)據(jù)中檢測到1109個細胞的上樣條件下,每個細胞中,來自每個細胞的平均99.4%的分子經(jīng)檢測為人或小鼠,這表明微孔之間的串擾非常小,在測序數(shù)據(jù)中檢測到1000個或更少細胞的上樣密度下,多重態(tài)發(fā)生率接近零,并且在15000個細胞下小于5%。淮南BD VDJ單細胞平臺BD單細胞測序平臺同時兼容單細胞蛋白組測序(Ab-seq)和免疫組庫測序等工作。

針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質(zhì)量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當目標細胞捕獲數(shù)很大時,多細胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數(shù)),導致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細胞基因檢測中位數(shù)、單個細胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!

對于單細胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序?qū)嶒炘O計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。

烈冰生物在上海、北京、廣州、西安、江西等多地部署單細胞測序?qū)嶒灲M中心,多地部署搭建BD Rhapsody單細胞實驗平臺,基于微孔的強大的高通量單細胞分析系統(tǒng),為您提供可靠的單細胞分析工作流程,該系統(tǒng)可通過簡單的唯恐把工作流程和多重條碼標記系統(tǒng),對高通量單細胞進行多組學的信息捕獲,由此捕獲的信息科進一步生成各種類型的二代測序(NGS)文庫。之后對文庫進行測序和基于NovelBrain生物大數(shù)據(jù)分析平臺(云平臺)的數(shù)據(jù)可視化分析,實現(xiàn)高位分辨率下的組織內(nèi)基因的表達差異和表達豐度。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。高通量測序單細胞服務機構(gòu)

烈冰一站式單細胞測序服務:立足科學研究,解碼生命本質(zhì)。浙江BD單細胞多組學測序

烈冰生物單細胞測序服務體系,不僅提供10X Genomics和BD Rhapsody兩大國際認可的單細胞實驗平臺,在“附加”產(chǎn)品上,我們提供BD FACS Melody流式細胞儀,滿足您對特殊細胞類型的富集需求,自主研發(fā)的Panocell單細胞捕獲芯片,可兼容BD 平臺全套原裝磁珠、試劑和protocol,為您提供完整的單細胞多組學解決方案。從細胞多樣本分析和染色所需的試劑到檢測試劑盒,生物信息分析工具,和在線大數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、精簡方案和專業(yè)團隊技術(shù)支持,烈冰生物可為您提供用于單細胞多組學甚至到空間轉(zhuǎn)錄組測序的各種工具,助您加速科研探索之旅。浙江BD單細胞多組學測序

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