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重慶高通量測序單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

來源: 發(fā)布時間:2022-07-26

關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺的樣本類型和樣本制備 :10X平臺在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺兼容。一般來說,細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細(xì)胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實驗上的幫助。烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測序領(lǐng)域。重慶高通量測序單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

烈冰生物成立于2010年,與時俱進(jìn),堅持為科研學(xué)者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒灪蜕疃鹊纳镄畔?shù)據(jù)分析服務(wù),已逐步發(fā)展為單細(xì)胞多組學(xué)檢測服務(wù)****。專注于“單細(xì)胞測序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地?fù)碛袛?shù)千平辦公場所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運(yùn)營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,60+項自主知識產(chǎn)權(quán),轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細(xì)胞測序,核測序,單細(xì)胞多組學(xué),空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學(xué)聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學(xué)者用戶、10000+生命科學(xué)探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學(xué)研究、醫(yī)學(xué)及臨床研究,疾病分子標(biāo)志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學(xué)檢測服務(wù)和解決方案,助力300+CNS國際學(xué)術(shù)期刊文章發(fā)表,30+篇單細(xì)胞技術(shù)聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF 10+文章占比>65%。蘇州10X Chromium X單細(xì)胞測序全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺。

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具,可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù),幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá),從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細(xì)胞類型,并逐個細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間,單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。測序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記(SNPs或SSR)等生命科學(xué)重要問題。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

測序的革新讓科學(xué)研究從個體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個體細(xì)胞的基因差異。重慶高通量測序單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

作為單細(xì)胞測序的一個重要里程碑,10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution,此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,并通過對復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。重慶高通量測序單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司總部位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計算機(jī)、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司。烈冰生物作為醫(yī)藥健康的企業(yè)之一,為客戶提供良好的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物不斷開拓創(chuàng)新,追求出色,以技術(shù)為先導(dǎo),以產(chǎn)品為平臺,以應(yīng)用為重點,以服務(wù)為保證,不斷為客戶創(chuàng)造更高價值,提供更優(yōu)服務(wù)。烈冰生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時代,對自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使烈冰生物在行業(yè)的從容而自信。