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作為單細(xì)胞測(cè)序的一個(gè)重要里程碑,10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution,此平臺(tái)整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件,能精確對(duì)接illumina測(cè)序儀,因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測(cè)序和分析,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,并通過對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。個(gè)性化制定測(cè)序項(xiàng)目方面,滿足從檢測(cè)基因到蛋白的多組學(xué)測(cè)序要求。南昌單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中,并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10×Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。成都10X單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型。
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí),如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細(xì)胞懸液體積勢(shì)必增加,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性5%、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,引入的背景信號(hào)會(huì)增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fractionreadsincells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí),會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí),多細(xì)胞率會(huì)增加,數(shù)據(jù)分析時(shí),此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測(cè)數(shù)和UMI檢測(cè)數(shù)是正常cell的N倍(N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(單個(gè)細(xì)胞基因檢測(cè)中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測(cè)中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測(cè)細(xì)胞的人為去除!
烈冰生物成立于2010年,與時(shí)俱進(jìn),堅(jiān)持為科研學(xué)者提供國際前沿的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)和深度的生物信息數(shù)據(jù)分析服務(wù),已逐步發(fā)展為單細(xì)胞多組學(xué)檢測(cè)服務(wù)****。專注于“單細(xì)胞測(cè)序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地?fù)碛袛?shù)千平辦公場(chǎng)所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運(yùn)營中心。2016年起連續(xù)被評(píng)為上海市****,60+項(xiàng)自主知識(shí)產(chǎn)權(quán),轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細(xì)胞測(cè)序,核測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等多組學(xué)聯(lián)合的實(shí)驗(yàn)+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺(tái)。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學(xué)者用戶、10000+生命科學(xué)探索的重要科研項(xiàng)目在醫(yī)藥開發(fā)、科學(xué)研究、醫(yī)學(xué)及臨床研究,疾病分子標(biāo)志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學(xué)檢測(cè)服務(wù)和解決方案,助力300+CNS國際學(xué)術(shù)期刊文章發(fā)表,30+篇單細(xì)胞技術(shù)聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF10+文章占比>65%。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變,一次對(duì)幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。
單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定?烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,確保單細(xì)胞的獲得。凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),珍貴樣本無法使用?烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細(xì)胞?采用國際認(rèn)可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺(tái)模式,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,背景雜也能做單細(xì)胞。單細(xì)胞RNA分類精度不足,部分細(xì)胞無法細(xì)分?烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測(cè),確保超高的細(xì)胞分類精度。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。濟(jì)南單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次突破性的改變,一次對(duì)幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。南昌單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序
10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時(shí)候,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫。南昌單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號(hào)奇亞特中心22幢,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務(wù)型企業(yè)。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物順應(yīng)時(shí)代發(fā)展和市場(chǎng)需求,通過**技術(shù),力圖保證高規(guī)格高質(zhì)量的單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。