二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動擴增反應(yīng)。
全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺。長沙二代測序單細(xì)胞測序平臺
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細(xì)胞,基于每個細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細(xì)胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實驗,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。長沙二代測序單細(xì)胞測序平臺烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細(xì)胞測序服務(wù)。
烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內(nèi)的高校、醫(yī)院和研究所等單位的科研學(xué)者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),每個通道上限可捕獲20000細(xì)胞,16通道一次可檢測細(xì)胞范圍為百萬級別的細(xì)胞水平。此外,單個細(xì)胞捕獲效率高達65%,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型,利于稀有樣本或小細(xì)胞量類型樣本研究;細(xì)胞可適性高,對細(xì)胞大?。ㄖ睆匠^40um細(xì)胞需要制備成細(xì)胞核)及類型無限制。細(xì)胞捕獲周期較短,能夠?qū)崿F(xiàn)自動分離,無需人工操作,1天內(nèi)可完成從細(xì)胞懸液到cDNA文庫構(gòu)建的所有的測序準(zhǔn)備工作。
FluidigmC1平臺作為應(yīng)用于單細(xì)胞測序(SingleCellRNASequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù),基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術(shù),大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細(xì)胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當(dāng)然,通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是,現(xiàn)在很多非RNA類SingleCell測序,仍然在采用這樣的技術(shù),如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10X和BD,或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測序技術(shù)之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。測序可準(zhǔn)確地分析基因表達差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記(SNPs或SSR)等生命科學(xué)重要問題。
單細(xì)胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎(chǔ)。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。西安二代測序單細(xì)胞測序商業(yè)化服務(wù)
截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章近20篇。長沙二代測序單細(xì)胞測序平臺
針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,但也需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會損失一定的細(xì)胞數(shù)量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作。基于烈冰多年單細(xì)胞測序?qū)嶒灲?jīng)驗,建議當(dāng)細(xì)胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。長沙二代測序單細(xì)胞測序平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質(zhì)量的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物自成立以來,一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認(rèn)可與大力支持。